ParallelStructure: a R package to distribute parallel runs of the population genetics program STRUCTURE on multi-core computers.
ParallelStructure: a R package to distribute parallel runs of the population genetics program STRUCTURE on multi-core computers.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0070651
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Glover KA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Besnier F;Glover KA
该软件包提供了一个基于R的框架，以便在群体遗传学程序STRUCTURE中运行分析时使用多核计算机。它特别针对那些处理大量重复数据分析的STRUCTURE用户，以及那些可以利用高效脚本在多个处理器之间自动分配STRUCTURE作业的用户。它还包括额外的功能，可以在单个数据集内的总体组合中划分分析，而不需要像STRUCTURE中目前的情况那样手动生成多个项目。该包包含两个主要函数：MPI_structure（）和parallel_structure（）以及一个示例数据文件。我们比较了两种计算机架构上的此示例数据在计算时间上的性能，并表明使用本函数可以在计算时间方面产生几倍的改进。可在https://r-forge.r-project.org/projects/parallstructure/上免费获得该结构。
This software package provides an R-based framework to make use of multi-core computers when running analyses in the population genetics program STRUCTURE. It is especially addressed to those users of STRUCTURE dealing with numerous and repeated data analyses, and who could take advantage of an efficient script to automatically distribute STRUCTURE jobs among multiple processors. It also consists of additional functions to divide analyses among combinations of populations within a single data set without the need to manually produce multiple projects, as it is currently the case in STRUCTURE. The package consists of two main functions: MPI_structure() and parallel_structure() as well as an example data file. We compared the performance in computing time for this example data on two computer architectures and showed that the use of the present functions can result in several-fold improvements in terms of computation time. ParallelStructure is freely available at https://r-forge.r-project.org/projects/parallstructure/.
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影响因子：
56.9
作者：
Rosenberg, NA;Pritchard, JK;Feldman, MW
通讯作者：
Feldman, MW
影响因子：
64.8
作者：
Harter, AV;Gardner, KA;Rieseberg, LH
通讯作者：
Rieseberg, LH
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2005.01031.x
发表时间：
2005-09-01
期刊：
MOLECULAR ECOLOGY NOTES
影响因子：
--
作者：
Guillot, G;Mortier, F;Estoup, A
通讯作者：
Estoup, A
影响因子：
3.3
作者：
Foll, Matthieu;Gaggiotti, Oscar
通讯作者：
Gaggiotti, Oscar
影响因子：
2.6
作者：
Excoffier, Laurent;Laval, Guillaume;Schneider, Stefan
通讯作者：
Schneider, Stefan