Mapping DNA methylation with high-throughput nanopore sequencing.
Mapping DNA methylation with high-throughput nanopore sequencing.
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DOI：
10.1038/nmeth.4189
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发表时间：
2017-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Paten B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rand AC;Jain M;Eizenga JM;Musselman-Brown A;Olsen HE;Akeson M;Paten B
对DNA的化学修饰调节其生物功能。我们提出了一个框架，利用它的离子电流信号，利用牛津纳米孔技术Minion将甲基化映射到胞嘧啶和腺苷。我们定位了三个胞嘧啶变种和两个腺嘌呤变种。结果表明，我们的模型足够灵敏，可以检测到基因组DNA甲基化水平作为大肠杆菌生长阶段的函数的变化。
Chemical modifications to DNA regulate its biological function. We present a framework for mapping methylation to cytosine and adenosine with the Oxford Nanopore Technologies MinION using its ionic current signal. We map three cytosine variants and two adenine variants. The results show that our model is sensitive enough to detect changes in genomic DNA methylation levels as a function of growth phase in E. coli.
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影响因子：
48
作者：
Flusberg, Benjamin A.;Webster, Dale R.;Lee, Jessica H.;Travers, Kevin J.;Olivares, Eric C.;Clark, Tyson A.;Korlach, Jonas;Turner, Stephen W.
通讯作者：
Turner, Stephen W.
DOI：
10.1198/016214506000000302
发表时间：
2006-12-01
影响因子：
3.7
作者：
Teh, Yee Whye;Jordan, Michael I.;Blei, David M.
通讯作者：
Blei, David M.
影响因子：
16.6
作者：
Beaulaurier, John;Zhang, Xue-Song;Zhu, Shijia;Sebra, Robert;Rosenbluh, Chaggai;Deikus, Gintaras;Shen, Nan;Munera, Diana;Waldor, Matthew K.;Chess, Andrew;Blaser, Martin J.;Schadt, Eric E.;Fang, Gang
通讯作者：
Fang, Gang
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R
秀丽隐杆线虫中N6-腺苷上的DNA甲基化。
影响因子：
64.5
作者：
Greer EL;Blanco MA;Gu L;Sendinc E;Liu J;Aristizábal-Corrales D;Hsu CH;Aravind L;He C;Shi Y
通讯作者：
Shi Y