Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing.
Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing.
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DOI：
10.1038/nmeth.1459
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发表时间：
2010-06
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Turner, Stephen W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flusberg, Benjamin A.;Webster, Dale R.;Lee, Jessica H.;Travers, Kevin J.;Olivares, Eric C.;Clark, Tyson A.;Korlach, Jonas;Turner, Stephen W.
我们描述了直接检测DNA甲基化，没有亚硫酸氢盐转换，通过单分子实时（SMRT）测序。在SMRT测序中，DNA聚合酶催化荧光标记的核苷酸掺入互补核酸链中。所得荧光脉冲的到达时间和持续时间产生关于聚合酶动力学的信息，并允许直接检测DNA模板中的修饰的核苷酸，包括N6-甲基腺苷、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。聚合酶动力学的测量是SMRT测序的固有部分，不会对一级DNA序列的测定产生不利影响。各种修饰不同地影响聚合酶动力学，从而允许它们之间的区分。我们利用这些动力学特征来识别基因组样品中的腺苷甲基化，并表明，与环状共有序列相结合，它们可以使单分子识别表观遗传修饰与碱基对分辨率。这种方法适用于长读长，并且可能能够在甚至高度重复的基因组区域内定位甲基化模式。
We describe the direct detection of DNA methylation, without bisulfite conversion, through single-molecule real-time (SMRT) sequencing. In SMRT sequencing, DNA polymerases catalyze the incorporation of fluorescently labeled nucleotides into complementary nucleic acid strands. The arrival times and durations of the resulting fluorescence pulses yield information about polymerase kinetics and allow direct detection of modified nucleotides in the DNA template, including N6-methyladenosine, 5-methylcytosine, and 5-hydroxymethylcytosine. Measurement of polymerase kinetics is an intrinsic part of SMRT sequencing and does not adversely affect determination of the primary DNA sequence. The various modifications affect polymerase kinetics differently, allowing discrimination between them. We utilize these kinetic signatures to identify adenosine methylation in genomic samples and show that, in combination with circular consensus sequencing, they can enable single-molecule identification of epigenetic modifications with base-pair resolution. This method is amenable to long read lengths and will likely enable mapping of methylation patterns within even highly repetitive genomic regions.
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DOI：
10.1080/15257770802260741
发表时间：
2008-09
期刊：
Nucleosides, nucleotides & nucleic acids
影响因子：
--
作者：
Korlach J;Bibillo A;Wegener J;Peluso P;Pham TT;Park I;Clark S;Otto GA;Turner SW
通讯作者：
Turner SW
DOI：
10.1073/pnas.0710982105
发表时间：
2008-01-29
影响因子：
11.1
作者：
Korlach, Jonas;Marks, Patrick J.;Turner, Stephen W.
通讯作者：
Turner, Stephen W.
影响因子：
4.8
作者：
Pomraning, Kyle R.;Smith, Kristina M.;Freitag, Michael
通讯作者：
Freitag, Michael
影响因子：
11.4
作者：
Berman, Andrea J.;Kamtekar, Satwik;Steitz, Thomas A.
通讯作者：
Steitz, Thomas A.
影响因子：
56.9
作者：
Levene, MJ;Korlach, J;Webb, WW
通讯作者：
Webb, WW