A hybrid NMR/SAXS-based approach for discriminating oligomeric protein interfaces using Rosetta.
A hybrid NMR/SAXS-based approach for discriminating oligomeric protein interfaces using Rosetta.
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DOI：
10.1002/prot.24719
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发表时间：
2015-02
影响因子：
2.9
通讯作者：
Sgourakis, Nikolaos G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rossi, Paolo;Shi, Lei;Liu, Gaohua;Barbieri, Christopher M.;Lee, Hsiau-Wei;Grant, Thomas D.;Luft, Joseph R.;Xiao, Rong;Acton, Thomas B.;Snell, Edward H.;Montelione, Gaetano T.;Baker, David;Lange, Oliver F.;Sgourakis, Nikolaos G.
关键词：
寡聚体蛋白是溶液中结构测定的重要靶标。虽然在大多数情况下，单个亚基的折叠可以通过实验确定，或通过基于同源性的方法预测，但使用常规NMR结构测定方案从头确定蛋白质-蛋白质界面具有挑战性。在这里，我们专注于bet-V1超家族的成员，Aha 1从Colwellia psychrerythraea。这个家庭显示了广泛的结晶界面，其中没有一个可以与NMR和SAXS收集的数据Aha 1调和。与传统的方法依赖于一个密集的网络的实验约束，稀疏的数据被用来限制构象搜索过程中的物理现实的能量函数的优化。这项工作突出了一种新的方法，用于研究轻微的构象变化，由于在一个单一的二聚体界面在溶液中的结构可塑性。
Oligomeric proteins are important targets for structure determination in solution. While in most cases the fold of individual subunits can be determined experimentally, or predicted by homology-based methods, protein-protein interfaces are challenging to determine de novo using conventional NMR structure determination protocols. Here we focus on a member of the bet-V1 superfamily, Aha1 from Colwellia psychrerythraea. This family displays a broad range of crystallographic interfaces none of which can be reconciled with the NMR and SAXS data collected for Aha1. Unlike conventional methods relying on a dense network of experimental restraints, the sparse data are used to limit conformational search during optimization of a physically realistic energy function. This work highlights a new approach for studying minor conformational changes due to structural plasticity within a single dimeric interface in solution.
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影响因子：
15
作者：
Sgourakis, Nikolaos G.;Lange, Oliver F.;DiMaio, Frank;Andre, Ingemar;Fitzkee, Nicholas C.;Rossi, Paolo;Montelione, Gaetano T.;Bax, Ad;Baker, David
通讯作者：
Baker, David
影响因子：
2.9
作者：
Grant, Thomas D.;Luft, Joseph R.;Wolfley, Jennifer R.;Tsuruta, Hiro;Martel, Anne;Montelione, Gaetano T.;Snell, Edward H.
通讯作者：
Snell, Edward H.
DOI：
10.1107/s0907444913007063
发表时间：
2013-05-01
影响因子：
2.2
作者：
Karaca, Ezgi;Bonvin, Alexandre M. J. J.
通讯作者：
Bonvin, Alexandre M. J. J.
影响因子：
15
作者：
Rückert, M;Otting, G
通讯作者：
Otting, G
影响因子：
64.8
作者：
Loquet, Antoine;Sgourakis, Nikolaos G.;Gupta, Rashmi;Giller, Karin;Riedel, Dietmar;Goosmann, Christian;Griesinger, Christian;Kolbe, Michael;Baker, David;Becker, Stefan;Lange, Adam
通讯作者：
Lange, Adam