Tissue cartography: compressing bio-image data by dimensional reduction.
Tissue cartography: compressing bio-image data by dimensional reduction.
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DOI：
10.1038/nmeth.3648
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发表时间：
2015-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Streichan SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heemskerk I;Streichan SJ
最先进的光学显微镜产生的大量数据阻碍了研究。利用许多生物样本的层状结构，我们开发了一种方法，在分离信号的同时，将数据大小和处理时间减少了数量级。我们实现的图像表面分析环境自动为任意形状的、动态的、可能是多层的“感兴趣表面”构建2D图像地图集。内置的地图扭曲校正确保表面信息不会丢失，使其适合于定量分析。我们通过应用4D成像技术对黑腹果蝇胚胎和心脏跳动进行了演示。
High data volumes produced by state-of-the-art optical microscopes encumber research. Taking advantage of the laminar structure of many biological specimens we developed a method that reduces data size and processing time by orders of magnitude, while disentangling signal. The Image Surface Analysis Environment that we implemented automatically constructs an atlas of 2D images for arbitrary shaped, dynamic, and possibly multi-layered “Surfaces of Interest”. Built-in correction for cartographic distortion assures no information on the surface is lost, making it suitable for quantitative analysis. We demonstrate our approach by application to 4D imaging of the D. melanogaster embryo and D. rerio beating heart.
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影响因子：
16.6
作者：
Schmid, Benjamin;Shah, Gopi;Scherf, Nico;Weber, Michael;Thierbach, Konstantin;Campos, Citlali Perez;Roeder, Ingo;Aanstad, Pia;Huisken, Jan
通讯作者：
Huisken, Jan
影响因子：
48
作者：
Tomer, Raju;Khairy, Khaled;Keller, Philipp J.
通讯作者：
Keller, Philipp J.
影响因子：
64.5
作者：
Fowlkes, Charless C.;Luengo Hendriks, Cris L.;Malik, Jitendra
通讯作者：
Malik, Jitendra
影响因子：
56.9
作者：
Bosveld, Floris;Bonnet, Isabelle;Bellaiche, Yohanns
通讯作者：
Bellaiche, Yohanns
影响因子：
48
作者：
Krzic, Uros;Gunther, Stefan;Hufnagel, Lars
通讯作者：
Hufnagel, Lars