Diffusion of Knots along DNA Confined in Nanochannels
Diffusion of Knots along DNA Confined in Nanochannels
复制标题
结沿着限制在纳米通道中的 DNA 扩散
DOI：
10.1021/acs.macromol.0c00561
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
5.5
通讯作者：
Dorfman, Kevin D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma, Zixue;Dorfman, Kevin D.
我们使用纳米流体“结工厂”装置来研究结在纳米通道中沿松弛脱氧核糖核酸（DNA）的扩散。考虑随机误差和系统误差时，系统平均均方位移增长的表观标度指数分别为0.82±0.01和[0.79,0.88]。这两种估计都表明了亚扩散，并支持一个自我复制模型。这些结果与目前流行的关于结沿纳米通道受限DNA扩散的理论相矛盾，在纳米通道受限DNA中，结区呼吸被认为控制结在长聚合物中的扩散，但与之前关于无约束DNA在张力下结自我复制的观察一致。
We study the diffusion of knots along relaxed deoxyribonucleic acid (DNA) in nanochannels using a nanofluidic “knot factory” device for knot generation. The apparent scaling exponent for the growth in the ensemble-averaged mean-squared displacement is 0.82 ± 0.01 when accounting for random errors and [0.79, 0.88] when accounting for systematic errors. Both estimates indicate subdiffusion and support a model of self-reptation. These results contradict the prevailing theory for knot diffusion along nanochannel-confined DNA, where knot region breathing is presumed to control knot diffusion in long polymers, but are consistent with previous observations of self-reptation of knots for unconfined DNA under tension.
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影响因子：
5.5
作者：
Muralidhar, Abhiram;Dorfman, Kevin D.
通讯作者：
Dorfman, Kevin D.
影响因子：
10.8
作者：
Levy SL;Mannion JT;Cheng J;Reccius CH;Craighead HG
通讯作者：
Craighead HG
沿着拉伸 DNA 分子的结扩散的布朗动力学模拟。
DOI：
10.1529/biophysj.105.074682
发表时间：
2006
期刊：
Biophysical journal.
影响因子：
--
作者：
Vologodskii,Alexander
通讯作者：
Vologodskii,Alexander
影响因子：
14.9
作者：
Günther K;Mertig M;Seidel R
通讯作者：
Seidel R
DOI：
10.1209/epl/i2006-10312-5
发表时间：
2006-11-01
期刊：
EUROPHYSICS LETTERS
影响因子：
--
作者：
Metzler, R.;Reisner, W.;Sokolov, I. M.
通讯作者：
Sokolov, I. M.