Mechanical and structural properties of YOYO-1 complexed DNA.
Mechanical and structural properties of YOYO-1 complexed DNA.
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DOI：
10.1093/nar/gkq434
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发表时间：
2010-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Seidel R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Günther K;Mertig M;Seidel R
YOYO-1是一种荧光染料，广泛用于探测DNA的力学性质。然而，目前存在矛盾的数据YOYO-1结合如何改变DNA结构和刚性。在这里，我们系统地解决这个问题，使用磁镊子。值得注意的是，我们发现DNA的持久长度保持恒定，与结合的YOYO-1的量无关，这与以前的假设相反。虽然离子条件可以显著改变YOYO-1结合的稳定性，但DNA弯曲刚度似乎不受影响。我们还确定了重要的结构参数，如结合位点的大小，伸长率，以及每个绑定YOYO-1分子的解扭角。我们期望我们的测定法，其中所有参数在一个单一的实验中确定，将有利于大范围的其他DNA结合药物。
YOYO-1 is a fluorescent dye widely used for probing the statistical–mechanical properties of DNA. However, currently contradicting data exist how YOYO-1 binding alters the DNA structure and rigidity. Here, we systematically address this problem using magnetic tweezers. Remarkably, we find that the persistence length of DNA remains constant independent of the amount of bound YOYO-1, which contrasts previous assumptions. While the ionic conditions can considerably alter the stability of YOYO-1 binding, the DNA bending rigidity seems not to be affected. We furthermore determine important structural parameters such as the binding site size, the elongation, as well as the untwisting angle per bound YOYO-1 molecule. We expect that our assay, in which all the parameters are determined within a single experiment, will be beneficial for a large range of other DNA binding drugs.
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