Visualizing one-dimensional diffusion of eukaryotic DNA repair factors along a chromatin lattice.
Visualizing one-dimensional diffusion of eukaryotic DNA repair factors along a chromatin lattice.
复制标题
DOI：
10.1038/nsmb.1858
复制
发表时间：
2010-08
影响因子：
16.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
DNA结合蛋白使用促进扩散来调查基因组中的目标，这通常包括用于采样局部区域的一维(1D)扫描组件。真核蛋白质必须在穿过染色质时完成这一任务。然而，目前尚不清楚核小体是否扰乱了一维扫描，或者真核DNA结合因子是否可以绕过核小体而不从DNA上脱落。在这里，我们使用单分子显微镜与纳米级的DNA幕相结合，以表明复制后错配修复蛋白复合体MLH1-Pms1通过跳跃/步进机制沿DNA在1D中扩散，并很容易绕过核小体。这是第一次实验证明被动扩散的蛋白质可以穿越静止的障碍物。相比之下，错配修复蛋白复合体Msh2-MSH6在与DNA保持持续接触的同时滑动，在遇到核小体时会经历一个边界。这些差异揭示了影响DNA结合蛋白核内运输的重要机制限制。
DNA-binding proteins survey genomes for targets using facilitated diffusion, which typically includes a one-dimensional (1D) scanning component for sampling local regions. Eukaryotic proteins must accomplish this task while navigating through chromatin. Yet it is unknown whether nucleosomes disrupt 1D scanning or eukaryotic DNA-binding factors can circumnavigate nucleosomes without falling off DNA. Here we use single-molecule microscopy in conjunction with nanofabricated curtains of DNA to show that the postreplicative mismatch repair protein complex Mlh1–Pms1 diffuses in 1D along DNA via a hopping/stepping mechanism and readily bypasses nucleosomes. This is the first experimental demonstration that a passively diffusing protein can traverse stationary obstacles. In contrast, Msh2–Msh6, a mismatch repair protein complex that slides while maintaining continuous contact with DNA, experiences a boundary upon encountering nucleosomes. These differences reveal important mechanistic constraints affecting intranuclear trafficking of DNA-binding proteins.
登录
查看更多内容
影响因子：
56.9
作者：
Elf, Johan;Li, Gene-Wei;Xie, X. Sunney
通讯作者：
Xie, X. Sunney
影响因子：
3.3
作者：
Bagchi, Biman;Blainey, Paul C.;Xie, X. Sunney
通讯作者：
Xie, X. Sunney
DOI：
10.1073/pnas.0805050105
发表时间：
2008-09-16
影响因子：
11.1
作者：
Doucleff, Michaeleen;Clore, G. Marius
通讯作者：
Clore, G. Marius
DOI：
10.1126/science.1172926
发表时间：
2009-07-31
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hodges C;Bintu L;Lubkowska L;Kashlev M;Bustamante C
通讯作者：
Bustamante C
影响因子：
7.5
作者：
Gorski, Stanislaw A.;Dundr, Miroslav;Misteli, Tom
通讯作者：
Misteli, Tom