Dynamics and Spatial Genomics of the Nascent Transcriptome by Intron seqFISH.
Dynamics and Spatial Genomics of the Nascent Transcriptome by Intron seqFISH.
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DOI：
10.1016/j.cell.2018.05.035
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发表时间：
2018-07-12
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Cai L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shah S;Takei Y;Zhou W;Lubeck E;Yun J;Eng CL;Koulena N;Cronin C;Karp C;Liaw EJ;Amin M;Cai L
转录组和核组织的可视化对单细胞分析具有挑战性。在这里，我们展示了一种多重单分子原位方法，内含子seqFISH，可以在单细胞中对10,421个基因的新生转录活性位点进行成像，然后是mRNA和lncRNA seqFISH和免疫荧光。这种新生的转录组分析方法可以识别小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞的不同细胞类型和状态。RNA合成的新生位点往往定位于染色体区域的表面，它们在单个细胞中的组织是高度可变的。令人惊讶的是，在小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞中，整体新生转录在单个细胞中以2小时为周期异步振荡。同时，通过内含子seqFISH对新生转录组的空间基因组学揭示了细胞核组织原理和单细胞中的快速动态，否则这些原理是模糊的。内含子seqFISH的开发允许在单细胞水平上对新生转录进行原位分析和可视化，揭示新生转录组的空间和时间特征。
Visualization of the transcriptome and the nuclear organization in situ has been challenging for single cell analysis. Here, we demonstrate a multiplexed single molecule in situ method, intron seqFISH, that allows imaging of 10,421 genes at their nascent transcription active sites in single cells, followed by mRNA and lncRNA seqFISH and immunofluorescence. This nascent transcriptome profiling method can identify different cell types and states with mouse embryonic stem cells and fibroblasts. The nascent sites of RNA synthesis tend to be localized on the surfaces of chromosome territories and their organization in individual cells is highly variable. Surprisingly, the global nascent transcription oscillated asynchronously in individual cells with a period of 2 hours in mouse embryonic stem cells as well as in fibroblasts. Together, spatial genomics of the nascent transcriptome by intron seqFISH reveals nuclear organizational principles and fast dynamics in single cells that are otherwise obscured. Development of intron seqFISH allows in situ profiling and visualization of nascent transcription at the single cell level, revealing spatial and temporal features of nascent transcriptome.
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DOI：
10.1083/jcb.200207115
发表时间：
2002-12-09
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Mahy NL;Perry PE;Bickmore WA
通讯作者：
Bickmore WA
影响因子：
64.5
作者：
Antebi YE;Linton JM;Klumpe H;Bintu B;Gong M;Su C;McCardell R;Elowitz MB
通讯作者：
Elowitz MB
DOI：
10.1073/pnas.1507125112
发表时间：
2015-06-09
影响因子：
11.1
作者：
Darmanis S;Sloan SA;Zhang Y;Enge M;Caneda C;Shuer LM;Hayden Gephart MG;Barres BA;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
4.3
作者：
Letsou W;Cai L
通讯作者：
Cai L
影响因子：
56.9
作者：
Hirata, H;Yoshiura, S;Kageyama, R
通讯作者：
Kageyama, R