A genome-scale phylogeny of the kingdom Fungi.
A genome-scale phylogeny of the kingdom Fungi.
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DOI：
10.1016/j.cub.2021.01.074
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发表时间：
2021-04-26
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rokas A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Steenwyk JL;Chang Y;Wang Y;James TY;Stajich JE;Spatafora JW;Groenewald M;Dunn CW;Hittinger CT;Shen XX;Rokas A
使用基因组规模的数据进行的系统基因组学研究极大地提高了对生命之树的理解。尽管真菌具有多样性、生态意义以及生物医学和工业重要性，但几个主要谱系之间的进化关系仍然没有得到很好的解决，特别是那些靠近真菌系统发育基础的谱系。为了检查解决不佳的关系并评估真菌王国基因组规模系统发育的进展，我们编制了一个包含290个基因的系统基因组数据矩阵，来自1,644个物种的基因组，其中包括来自大多数主要真菌谱系的代表。我们还编制了11个数据矩阵，根据前面显示的过滤标准，从完整的数据矩阵中对基因或分类群进行亚采样，以改进系统发育推断。使用基于串联和合并的方法对这12个数据矩阵进行分析，得到了真菌王国的强大系统发育图，其中约85%的内部分支在所使用的数据矩阵和方法之间是一致的。我们发现了对几种历史上解决不好的关系的支持，以及可能源于古代多样化插曲的多切性的证据。通过检验相同等级的分类群的相对进化分歧，我们发现真菌分类与基因组序列分歧和分歧时间广泛一致，但也识别出当前分类界限不能反映其进化分歧水平的谱系。我们的结果为探索真菌进化的节奏和模式提供了一个强大的系统基因组学框架，并为未来真菌的系统发育和分类研究提供了方向。Li等人。分析1,644个物种的290个基因，以推断真菌王国的基因组规模的系统发育。使用不同方法和数据矩阵的分析表明，真菌之间85%的推断关系得到了强有力的支持。这些结果为探索真菌进化的节奏和模式提供了一个强有力的系统基因组学框架。
Phylogenomic studies using genome-scale amounts of data have greatly improved understanding of the tree of life. Despite the diversity, ecological significance, and biomedical and industrial importance of fungi, evolutionary relationships among several major lineages remain poorly resolved, especially those near the base of the fungal phylogeny. To examine poorly resolved relationships and assess progress toward a genome-scale phylogeny of the fungal kingdom, we compiled a phylogenomic data matrix of 290 genes from the genomes of 1,644 species that includes representatives from most major fungal lineages. We also compiled 11 data matrices by subsampling genes or taxa from the full data matrix based on filtering criteria previously shown to improve phylogenomic inference. Analyses of these 12 data matrices using concatenation- and coalescent-based approaches yielded a robust phylogeny of the fungal kingdom in which ~85% of internal branches were congruent across data matrices and approaches used. We found support for several historically poorly resolved relationships as well as evidence for polytomies likely stemming from episodes of ancient diversification. By examining the relative evolutionary divergence of taxonomic groups of equivalent rank, we found that fungal taxonomy is broadly aligned with both genome sequence divergence and divergence time, but also identified lineages where current taxonomic circumscription does not reflect their levels of evolutionary divergence. Our results provide a robust phylogenomic framework to explore the tempo and mode of fungal evolution and offer directions for future fungal phylogenetic and taxonomic studies. Li et al. analyze 290 genes from 1,644 species to infer a genome-scale phylogeny of the fungal kingdom. Analyses using different approaches and data matrices show that 85% of inferred relationships among fungi are robustly supported. The results provide a robust phylogenomic framework to explore the tempo and mode of fungal evolution.
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影响因子：
3.3
作者：
Chang Y;Wang S;Sekimoto S;Aerts AL;Choi C;Clum A;LaButti KM;Lindquist EA;Yee Ngan C;Ohm RA;Salamov AA;Grigoriev IV;Spatafora JW;Berbee ML
通讯作者：
Berbee ML
影响因子：
14.9
作者：
Grigoriev IV;Nikitin R;Haridas S;Kuo A;Ohm R;Otillar R;Riley R;Salamov A;Zhao X;Korzeniewski F;Smirnova T;Nordberg H;Dubchak I;Shabalov I
通讯作者：
Shabalov I
影响因子：
4.6
作者：
Chang Y;Rochon D;Sekimoto S;Wang Y;Chovatia M;Sandor L;Salamov A;Grigoriev IV;Stajich JE;Spatafora JW
通讯作者：
Spatafora JW
影响因子：
10.7
作者：
Hoang DT;Chernomor O;von Haeseler A;Minh BQ;Vinh LS
通讯作者：
Vinh LS
DOI：
10.1111/jeu.12519
发表时间：
2018-11
期刊：
The Journal of eukaryotic microbiology
影响因子：
--
作者：
Bass D;Czech L;Williams BAP;Berney C;Dunthorn M;Mahé F;Torruella G;Stentiford GD;Williams TA
通讯作者：
Williams TA