UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation.
UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation.
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DOI：
10.1093/molbev/msx281
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发表时间：
2018-02-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Vinh LS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoang DT;Chernomor O;von Haeseler A;Minh BQ;Vinh LS
标准自举法（SBS）虽然计算量很大，但在极大似然系统发育分析中得到了广泛的应用。我们最近提出了超快速引导近似（UFBoot）来减少计算时间，同时在轻度模型违反下获得比SBS更多的无偏分支支持。作为SBS和其他引导方法的有效替代方案，UFBoot已被稳步采用。在这里，我们提出了UFBoot2，它大大加速了UFBoot，并减少了由于多分支或严重的模型违反而高估分支支持的风险。此外，UFBoot2为系统基因组数据提供了合适的自举重新采样策略。在测试数据集上，UFBoot2比SBS快778倍（中位数），比RAxML快速引导快8.4倍（中位数）。UFBoot2在IQ-TREE 1.6版软件包中实现，可在http://www.iqtree.org免费获取。
The standard bootstrap (SBS), despite being computationally intensive, is widely used in maximum likelihood phylogenetic analyses. We recently proposed the ultrafast bootstrap approximation (UFBoot) to reduce computing time while achieving more unbiased branch supports than SBS under mild model violations. UFBoot has been steadily adopted as an efficient alternative to SBS and other bootstrap approaches. Here, we present UFBoot2, which substantially accelerates UFBoot and reduces the risk of overestimating branch supports due to polytomies or severe model violations. Additionally, UFBoot2 provides suitable bootstrap resampling strategies for phylogenomic data. UFBoot2 is 778 times (median) faster than SBS and 8.4 times (median) faster than RAxML rapid bootstrap on tested data sets. UFBoot2 is implemented in the IQ-TREE software package version 1.6 and freely available at http://www.iqtree.org.
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影响因子：
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作者：
Springer MS;Meredith RW;Gatesy J;Emerling CA;Park J;Rabosky DL;Stadler T;Steiner C;Ryder OA;Janečka JE;Fisher CA;Murphy WJ
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Vinh, LS;von Haeseler, A
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