Generalized fragment picking in Rosetta: design, protocols and applications.
Generalized fragment picking in Rosetta: design, protocols and applications.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0023294
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Baker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gront D;Kulp DW;Vernon RM;Strauss CE;Baker D
Rosetta de novo结构预测和环建模协议开始于粗粒度蒙特卡罗搜索，其中移动基于从已知结构的数据库中提取的短片段。在这里，我们描述了一个新的面向对象的程序，大大扩展了以前的程序（nnmake）的功能，并打开了新的方法来结构建模的碎片。我们提供了代码设计和架构的详细描述，突出其模块化，以及新的功能，如可扩展性，总控制的片段采摘工作流程和评分系统自定义。我们证明，该程序提供了至少作为良好的从头结构预测的积木作为以前的程序，并提供了广泛的应用程序，现在可以访问的例子。
The Rosetta de novo structure prediction and loop modeling protocols begin with coarse grained Monte Carlo searches in which the moves are based on short fragments extracted from a database of known structures. Here we describe a new object oriented program for picking fragments that greatly extends the functionality of the previous program (nnmake) and opens the door for new approaches to structure modeling. We provide a detailed description of the code design and architecture, highlighting its modularity, and new features such as extensibility, total control over the fragment picking workflow and scoring system customization. We demonstrate that the program provides at least as good building blocks for ab-initio structure prediction as the previous program, and provide examples of the wide range of applications that are now accessible.
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