Methods for determining stability in continuum elastic-rod models of DNA
Methods for determining stability in continuum elastic-rod models of DNA
复制标题
DNA 连续弹性棒模型稳定性的测定方法
DOI：
--
复制
发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kathleen A. Hoffman
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kathleen A. Hoffman
DNA的弹性棒模型为研究分子的宏观性质提供了另一种方法。建模工作的一个重要组成部分是确定生物学上可接近的或稳定的解决方案。可以利用弹性杆模型的基本变分结构来推导识别稳定平衡构型的方法。给出了确定弹性杆模型平衡点稳定性的两种方法：共轭点法和可分辨图法。此外，我们将这些方法应用于两个内在弯曲的DNA分子：具有a束弯曲的DNA丝和具有分解代谢基因激活蛋白结合位点的DNA微环。这些模型的稳定解提供了对DNA分子三维结构的直观洞察。
Elastic–rod models of DNA have offered an alternative method for studying the macroscopic properties of the molecule. An essential component of the modelling effort is to identify the biologically accessible, or stable, solutions. The underlying variational structure of the elastic–rod model can be exploited to derive methods that identify stable equilibrium configurations. We present two methods for determining the stability of the equilibria of elastic–rod models: the conjugate–point method and the distinguished–diagram method. Additionally, we apply these methods to two intrinsically curved DNA molecules: a DNA filament with an A–tract bend and a DNA minicircle with a catabolite gene activator protein binding site. The stable solutions of these models provide visual insight into the three–dimensional structure of the DNA molecules.
登录
查看更多内容
影响因子：
6.8
作者：
Olson, WK
通讯作者：
Olson, WK
DOI：
10.1103/physreve.61.747
发表时间：
2000
期刊：
Physical review. E, Statistical physics, plasmas, fluids, and related interdisciplinary topics
影响因子：
--
作者：
I. Tobias;D. Swigon;B. D. Coleman
通讯作者：
I. Tobias;D. Swigon;B. D. Coleman
DOI：
10.1016/s0021-9258(18)42099-6
发表时间：
1992-07
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
A. Gunasekera;Y. Ebright;R. Ebright
通讯作者：
A. Gunasekera;Y. Ebright;R. Ebright
DOI：
10.1073/pnas.89.14.6343
发表时间：
1992-07-15
影响因子：
11.1
作者：
KAHN, JD;CROTHERS, DM
通讯作者：
CROTHERS, DM
局部弯曲对 DNA 超螺旋的影响。
影响因子：
13.8
作者：
Yang,Y;Westcott,TP;Pedersen,SC;Tobias,I;Olson,WK
通讯作者：
Olson,WK