Spectral archives: extending spectral libraries to analyze both identified and unidentified spectra.
Spectral archives: extending spectral libraries to analyze both identified and unidentified spectra.
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DOI：
10.1038/nmeth.1609
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发表时间：
2011-05-15
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Frank, Ari M.;Monroe, Matthew E.;Shah, Anuj R.;Carver, Jeremy J.;Bandeira, Nuno;Moore, Ronald J.;Anderson, Gordon A.;Smith, Richard D.;Pevzner, Pavel A.
MS/MS实验在不同的实验室中产生了相同肽的多个几乎相同的光谱，但蛋白质组学研究人员通常不会利用其他实验室产生的未识别光谱来解码自己实验室产生的光谱。我们提出了一个光谱档案的方法，集群MS/MS数据集，代表类似的光谱由一个单一的共识谱。光谱档案通过以相同的方式分析已鉴定和未鉴定的光谱并维护关于跨物种和条件共享的肽的光谱的信息来扩展光谱库。因此，档案馆既提供了传统的图书馆频谱相似性为基础的搜索能力，沿着与新的方法来分析数据。通过开发一个聚类工具，MS-集群，我们产生了一个光谱档案从~ 11.8亿光谱，大大超过现有的光谱库的大小。我们主张将公开可用的数据组织成光谱档案，而不是像今天大多数情况那样作为不同的数据集进行分析。
MS/MS experiments generate multiple, nearly identical spectra of the same peptide in various laboratories, but proteomics researchers typically do not leverage the unidentified spectra produced in other labs to decode spectra generated in their own labs. We propose a spectral archives approach that clusters MS/MS datasets, representing similar spectra by a single consensus spectrum. Spectral archives extend spectral libraries by analyzing both identified and unidentified spectra in the same way and maintaining information about spectra of peptides shared across species and conditions. Thus archives offer both traditional library spectrum similarity-based search capabilities along with novel ways to analyze the data. By developing a clustering tool, MS-Cluster, we generated a spectral archive from ~1.18 billion spectra that greatly exceeds the size of existing spectral repositories. We advocate that publicly available data should be organized into spectral archives, rather than be analyzed as disparate datasets, as is mostly the case today.
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