False discovery rates of protein identifications: a strike against the two-peptide rule.
False discovery rates of protein identifications: a strike against the two-peptide rule.
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DOI：
10.1021/pr9004794
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发表时间：
2009-09
影响因子：
4.4
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gupta, Nitin;Pevzner, Pavel A.
关键词：
大多数蛋白质组学研究试图最大限度地增加肽鉴定的数量，并随后推断含有两个或更多肽的蛋白质作为可靠的蛋白质鉴定。在这项研究中，我们评估了这种“两肽”规则对蛋白质鉴定的影响，使用多种搜索工具和数据集。与直觉相反，与不丢弃单命中蛋白质的情况相比，“双肽”规则更显著地减少了靶数据库中蛋白质鉴定的数量，并且导致错误发现率增加。因此，我们建议应该放弃“两肽”规则，相反，蛋白质鉴定应该受到错误率的估计，就像肽鉴定一样。我们进一步扩展的生成函数的方法（最初提出的肽和一个单一的光谱之间的匹配进行评估），以评估蛋白质和整个光谱数据集之间的匹配。
Most proteomics studies attempt to maximize the number of peptide identifications and subsequently infer proteins containing two or more peptides as reliable protein identifications. In this study, we evaluate the effect of this “two-peptide” rule on protein identifications, using multiple search tools and data sets. Contrary to the intuition, the “two-peptide” rule reduces the number of protein identifications in the target database more significantly than in the decoy database and results in increased false discovery rates, compared to the case when single-hit proteins are not discarded. We therefore recommend that the “two-peptide” rule should be abandoned, and instead, protein identifications should be subject to the estimation of error rates, as is the case with peptide identifications. We further extend the generating function approach (originally proposed for evaluating matches between a peptide and a single spectrum) to evaluating matches between a protein and an entire spectral data set.
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