Purification and quantitative proteomic analysis of cell bodies and protrusions.
Purification and quantitative proteomic analysis of cell bodies and protrusions.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2021.100462
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发表时间：
2021-06-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mardakheh FK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dermit M;Mardakheh FK
富含肌动蛋白的突起是肌动蛋白聚合产生的膜延伸，驱动间充质样细胞迁移。突起蛋白质组的特征对于理解它们的功能至关重要。我们提出了一个完整的基于微孔过滤器的突起细胞结构域分离的逐步方案，并结合定量蛋白质组学、质谱学数据采集和数据分析的样品准备。该方法能够提纯、定量和分析存在于突起和细胞体中的蛋白质的分布。有关本议定书的使用和执行的完整细节，请参阅。一种定量分析突起蛋白质组的方法，通过Transwell分级分离细胞体和突起，用串联质量标记的鸟枪蛋白质组学分析部分，提供一条逐步的管道用于数据分析，富含肌动蛋白的突起是由肌动蛋白聚合产生的膜延伸，驱动间充质样细胞迁移。突起蛋白质组的特征对于理解它们的功能至关重要。我们提出了一个完整的基于微孔过滤器的突起细胞结构域分离的逐步方案，并结合定量蛋白质组学、质谱学数据采集和数据分析的样品准备。该方法能够提纯、定量和分析存在于突起和细胞体中的蛋白质的分布。
Actin-rich protrusions are membrane extensions generated by actin polymerization that drive mesenchymal-like cell migration. Characterization of protrusions proteome is crucial for understanding their function. We present a complete step-by-step protocol based on microporous filter-based fractionation of protrusive cellular domains coupled with sample preparation for quantitative proteomics, mass spectrometric data acquisition, and data analysis. This protocol enables purification, quantification, and analysis of the distribution of proteins present in protrusions and cell bodies. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. A protocol for quantitative analysis of protrusion proteomes Cell bodies and protrusions are isolated by transwell fractionation Fractions are analyzed by tandem mass tagging-based shotgun proteomics A step-by-step pipeline is provided for data analysis Actin-rich protrusions are membrane extensions generated by actin polymerization that drive mesenchymal-like cell migration. Characterization of protrusions proteome is crucial for understanding their function. We present a complete step-by-step protocol based on microporous filter-based fractionation of protrusive cellular domains coupled with sample preparation for quantitative proteomics, mass spectrometric data acquisition, and data analysis. This protocol enables purification, quantification, and analysis of the distribution of proteins present in protrusions and cell bodies.
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影响因子：
11.8
作者：
Dermit M;Dodel M;Lee FCY;Azman MS;Schwenzer H;Jones JL;Blagden SP;Ule J;Mardakheh FK
通讯作者：
Mardakheh FK
影响因子：
4.4
作者：
McDowell GS;Gaun A;Steen H
通讯作者：
Steen H
影响因子：
11.8
作者：
Mardakheh, Faraz K.;Paul, Angela;Marshall, Christopher J.
通讯作者：
Marshall, Christopher J.
使用串联质量标签（TMT）和质谱法（MS）对蛋白质相对定量的样品制备。
DOI：
10.1007/978-1-4939-7659-1_11
发表时间：
2018
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Erdjument-Bromage H;Huang FK;Neubert TA
通讯作者：
Neubert TA
DOI：
10.1007/978-1-4939-7493-1_7
发表时间：
2018-01-01
期刊：
CANCER SYSTEMS BIOLOGY: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Tyanova, Stefka;Cox, Juergen
通讯作者：
Cox, Juergen