Key regulators control distinct transcriptional programmes in blood progenitor and mast cells.
Key regulators control distinct transcriptional programmes in blood progenitor and mast cells.
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DOI：
10.1002/embj.201386825
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发表时间：
2014-06-02
期刊：
影响因子：
11.4
通讯作者：
Goettgens, Berthold
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Calero-Nieto, Fernando J.;Ng, Felicia S.;Wilson, Nicola K.;Hannah, Rebecca;Moignard, Victoria;Leal-Cervantes, Ana I.;Jimenez-Madrid, Isabel;Diamanti, Evangelia;Wernisch, Lorenz;Goettgens, Berthold
尽管在全基因组结合图谱的生成方面取得了重大进展，但转录因子（tf）调节细胞类型识别的机制在很大程度上仍然不清楚。通过对肥大细胞和血液祖细胞中的10个关键造血tf的比较分析，我们证明了大部分细胞类型特异性结合谱不是机会性的，而是有助于细胞类型特异性转录控制，因为(i)共享tf的差异结合的数学模型可以解释差异基因表达；（ii）一致的结合位点对于细胞类型特异性结合是重要的；（iii）肥大细胞中血液干细胞调节因子的敲除揭示了肥大细胞特异性基因是直接靶点。最后，我们证明了已知的肥大细胞调节因子Mitf和c-fos可能有助于TF结合谱的全球重组。综上所述，我们的研究阐明了几种不同哺乳动物细胞类型的关键调节性tf如何促进转录程序。
Despite major advances in the generation of genome-wide binding maps, the mechanisms by which transcription factors (TFs) regulate cell type identity have remained largely obscure. Through comparative analysis of 10 key haematopoietic TFs in both mast cells and blood progenitors, we demonstrate that the largely cell type-specific binding profiles are not opportunistic, but instead contribute to cell type-specific transcriptional control, because (i) mathematical modelling of differential binding of shared TFs can explain differential gene expression, (ii) consensus binding sites are important for cell type-specific binding and (iii) knock-down of blood stem cell regulators in mast cells reveals mast cell-specific genes as direct targets. Finally, we show that the known mast cell regulators Mitf and c-fos likely contribute to the global reorganisation of TF binding profiles. Taken together therefore, our study elucidates how key regulatory TFs contribute to transcriptional programmes in several distinct mammalian cell types.
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