New developments in the InterPro database.
New developments in the InterPro database.
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DOI：
10.1093/nar/gkl841
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yeats C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mulder NJ;Apweiler R;Attwood TK;Bairoch A;Bateman A;Binns D;Bork P;Buillard V;Cerutti L;Copley R;Courcelle E;Das U;Daugherty L;Dibley M;Finn R;Fleischmann W;Gough J;Haft D;Hulo N;Hunter S;Kahn D;Kanapin A;Kejariwal A;Labarga A;Langendijk-Genevaux PS;Lonsdale D;Lopez R;Letunic I;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;Mistry J;Mitchell A;Nikolskaya AN;Orchard S;Orengo C;Petryszak R;Selengut JD;Sigrist CJ;Thomas PD;Valentin F;Wilson D;Wu CH;Yeats C
InterPro是用于蛋白质家族，域和功能部位的集成资源，它集成了以下蛋白质签名数据库：Prosite，Prints，Prodom，Prodom，PFAM，PFAM，Smart，Tigrfams，Pirsf，Pirsf，Superfiefly，Gene3D和Panther。自本期刊上次出版物以来，后两个新成员数据库已集成。 Interpro中有几个新的开发项目，包括额外的阅读字段，新数据库链接，Web界面的扩展以及其他匹配XML文件。 InterPro始终在网站上和FTP网站上的Match XML文件中提供了与UniProtkB蛋白的匹配项。现在，仅在新的Match XML文件中下载UNIPARC（UNIPROT存档）中与蛋白质的其他匹配。最新的Interpro版本（13.0）包含超过13,000个条目，覆盖了UniprotkB中所有蛋白质的78％以上。该数据库可通过WebServer（）可用于基于文本和序列的搜索，也可以通过匿名FTP（）下载。现在，也可以通过Web Service AT获得Intercoscan搜索工具。
InterPro is an integrated resource for protein families, domains and functional sites, which integrates the following protein signature databases: PROSITE, PRINTS, ProDom, Pfam, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, Gene3D and PANTHER. The latter two new member databases have been integrated since the last publication in this journal. There have been several new developments in InterPro, including an additional reading field, new database links, extensions to the web interface and additional match XML files. InterPro has always provided matches to UniProtKB proteins on the website and in the match XML file on the FTP site. Additional matches to proteins in UniParc (UniProt archive) are now available for download in the new match XML files only. The latest InterPro release (13.0) contains more than 13 000 entries, covering over 78% of all proteins in UniProtKB. The database is available for text- and sequence-based searches via a webserver (), and for download by anonymous FTP (). The InterProScan search tool is now also available via a web service at .
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Pfam：氏族、网络工具和服务。
影响因子：
14.9
作者：
Finn, Robert D.;Mistry, Jaina;Schuster-Bockler, Benjamin;Griffiths-Jones, Sam;Hollich, Volker;Lassmann, Timo;Moxon, Simon;Marshall, Mhairi;Khanna, Ajay;Durbin, Richard;Eddy, Sean R.;Sonnhammer, Erik L. L.;Bateman, Alex
通讯作者：
Bateman, Alex
影响因子：
5.8
作者：
Petryszak, R;Kretschmann, E;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R
影响因子：
14.9
作者：
Harris, MA;Clark, J;White, R
通讯作者：
White, R
影响因子：
14.9
作者：
Wu, CH;Nikolskaya, A;Barker, WC
通讯作者：
Barker, WC
影响因子：
14.9
作者：
Bru C;Courcelle E;Carrère S;Beausse Y;Dalmar S;Kahn D
通讯作者：
Kahn D