D-GENIES: dot plot large genomes in an interactive, efficient and simple way.
D-GENIES: dot plot large genomes in an interactive, efficient and simple way.
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作者：
Cabanettes F;Klopp C
点图广泛用于快速比较序列集。它们提供了一个综合的相似性概述，突出了重复，中断和反转。已经开发了不同的工具来容易地生成基因组比对点图，但是它们通常在输入序列大小方面受到限制。D-GENIES是一个独立的网络应用程序，使用minimap 2软件包执行大型基因组比对，并生成交互式点图。它使用户能够将查询序列沿着参考排序，放大绘图并下载多个图像、比对或序列文件。D-GENIES是一个易于安装的开源软件包（GPL），使用Python和JavaScript开发。源代码可以在上获得，也可以在上进行测试。
Dot plots are widely used to quickly compare sequence sets. They provide a synthetic similarity overview, highlighting repetitions, breaks and inversions. Different tools have been developed to easily generated genomic alignment dot plots, but they are often limited in the input sequence size. D-GENIES is a standalone and web application performing large genome alignments using minimap2 software package and generating interactive dot plots. It enables users to sort query sequences along the reference, zoom in the plot and download several image, alignment or sequence files. D-GENIES is an easy-to-install, open-source software package (GPL) developed in Python and JavaScript. The source code is available at and it can be tested at .
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影响因子：
5.8
作者：
Krumsiek, Jan;Arnold, Roland;Rattei, Thomas
通讯作者：
Rattei, Thomas
影响因子：
5.8
作者：
Husemann, Peter;Stoye, Jens
通讯作者：
Stoye, Jens
影响因子：
5.8
作者：
Brodie, R;Roper, RL;Upton, C
通讯作者：
Upton, C
DOI：
10.1109/tvcg.2011.185
发表时间：
2011-12-01
影响因子：
5.2
作者：
Bostock, Michael;Ogievetsky, Vadim;Heer, Jeffrey
通讯作者：
Heer, Jeffrey
影响因子：
5.8
作者：
Szafranski, Karol;Jahn, Niels;Platzer, Matthias
通讯作者：
Platzer, Matthias