Viral sequences in human cancer.
Viral sequences in human cancer.
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DOI：
10.1016/j.virol.2017.10.017
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发表时间：
2018-01-01
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Pipas JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cantalupo PG;Katz JP;Pipas JM
我们已经开发了一个病毒检测和发现计算管道，Pickaxe，并将其应用于癌症基因组图谱(TCGA)提供的NGS数据库。我们分析了来自22种不同癌症的3052名参与者的全基因组(WGS)、外显子组(WXS)和RNA(RNA-Seq)测序文库的集合。几乎所有被检查的肿瘤和正常组织的NGS数据都包含受污染的病毒序列。需要密集的计算和手动工作才能移除这些人工制品。我们发现，几种不同类型的癌症都含有疱疹病毒，包括EBV、CMV、HHV1、HHV2、HHV6和HHV7。除了已报道的乙肝和丙型肝炎病毒(乙肝病毒和丙型肝炎病毒)与肝癌，以及人乳头瘤病毒(HPV)与宫颈癌和头颈癌的亚组相关外，我们还发现少数膀胱癌中存在更多HPV病例。基因表达和突变特征表明，在这些病例中，HPV推动了肿瘤的发生。
We have developed a virus detection and discovery computational pipeline, Pickaxe, and applied it to NGS databases provided by The Cancer Genome Atlas (TCGA). We analyzed a collection of whole genome (WGS), exome (WXS), and RNA (RNA-Seq) sequencing libraries from 3,052 participants across 22 different cancers. NGS data from nearly all tumor and normal tissues examined contained contaminating viral sequences. Intensive computational and manual efforts are required to remove these artifacts. We found that several different types of cancers harbored Herpesviruses including EBV, CMV, HHV1, HHV2, HHV6 and HHV7. In addition to the reported associations of Hepatitis B and C virus (HBV & HCV) with liver cancer, and Human papillomaviruses (HPV) with cervical cancer and a subset of head and neck cancers, we found additional cases of HPV integrated in a small number of bladder cancers. Gene expression and mutational profiles suggest that HPV drives tumorigenesis in these cases.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
6.7
作者：
Strong MJ;Xu G;Coco J;Baribault C;Vinay DS;Lacey MR;Strong AL;Lehman TA;Seddon MB;Lin Z;Concha M;Baddoo M;Ferris M;Swan KF;Sullivan DE;Burow ME;Taylor CM;Flemington EK
通讯作者：
Flemington EK
影响因子：
3
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Borozan I;Wilson S;Blanchette P;Laflamme P;Watt SN;Krzyzanowski PM;Sircoulomb F;Rottapel R;Branton PE;Ferretti V
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64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.4
作者：
Strong, Michael J.;O'Grady, Tina;Flemington, Erik K.
通讯作者：
Flemington, Erik K.