SPIN4 Is a Principal Endogenous Substrate of the E3 Ubiquitin Ligase DCAF16.
SPIN4 Is a Principal Endogenous Substrate of the E3 Ubiquitin Ligase DCAF16.
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DOI：
10.1021/acs.biochem.1c00067
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发表时间：
2021-03-09
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Cravatt BF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Thielert M;Li H;Cravatt BF
DCAF16 是 Cullin-RING E3 泛素连接酶的底物识别组件，可被亲电 PROTAC（蛋白水解靶向嵌合体）靶向，促进蛋白质的核限制性降解。 DCAF16 的内源蛋白亚态仍然未知。在这项研究中，我们通过基于非靶向质谱 (MS) 的蛋白质组学比较了 DCAF16 野生型 (WT) 和 DCAF16 敲除 (KO) 细胞的蛋白质含量，确定了含有 Tudor 结构域的蛋白质 Spindlin-4 (SPIN4) 是一种在缺乏 DCAF16 的细胞中显着升高的蛋白质。在 DCAF16-KO 细胞中几乎没有发现其他蛋白质组变化，这表明 DCAF16 和 SPIN4 之间存在特定关系。与这一假设一致，我们发现 DCAF16 与 SPIN4 相互作用并泛素化，但不与其他相关的 SPIN 蛋白相互作用，并鉴定了 SPIN4 特有的保守赖氨酸残基，该残基参与 DCAF16 结合。最后，我们提供的证据表明，与其他修饰的组蛋白修饰相比，SPIN4 优先结合三甲基化组蛋白 H3K4。这些结果综合起来表明 DCAF16 和 SPIN4 形成专用的 E3 连接酶-底物复合物，调节人类细胞中 SPIN4 的周转和推测功能。
DCAF16 is a substrate recognition component of Cullin-RING E3 ubiquitin ligases that can be targeted by electrophilic PROTACs (PROteolysis Targeting Chimeras) to promote the nuclear-restricted degradation of proteins. The endogenous protein substates of DCAF16 remain unknown. In this study, we compared the protein content of DCAF16-wild type (WT) and DCAF16-knockout (KO) cells by untargeted mass spectrometry (MS)-based proteomics, identifying the Tudor domain-containing protein Spindlin-4 (SPIN4) as a protein that was substantially elevated in cells lacking DCAF16. Very few other proteomic changes were found in DCAF16-KO cells, pointing to a specific relationship between DCAF16 and SPIN4. Consistent with this hypothesis, we found that DCAF16 interacts with and ubiquitinates SPIN4, but not other related SPIN proteins, and identified a conserved lysine residue unique to SPIN4 that is involved in DCAF16 binding. Finally, we provide evidence that SPIN4 preferentially binds trimethylated histone H3K4 over other modified histone modifications. These results taken together, indicate that DCAF16 and SPIN4 form a dedicated E3 ligase-substrate complex that regulates the turnover and presumed functions of SPIN4 in human cells.
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影响因子：
14.8
作者：
Zhang, Xiaoyu;Crowley, Vincent M.;Cravatt, Benjamin F.
通讯作者：
Cravatt, Benjamin F.
影响因子：
7
作者：
Kim S;Kim D;Cho SW;Kim J;Kim JS
通讯作者：
Kim JS
DOI：
10.1146/annurev-pharmtox-010715-103507
发表时间：
2017-01-06
影响因子：
12.5
作者：
Bondeson DP;Crews CM
通讯作者：
Crews CM
影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Ting L;Bruckner RJ;Gebreab F;Gygi MP;Szpyt J;Tam S;Zarraga G;Colby G;Baltier K;Dong R;Guarani V;Vaites LP;Ordureau A;Rad R;Erickson BK;Wühr M;Chick J;Zhai B;Kolippakkam D;Mintseris J;Obar RA;Harris T;Artavanis-Tsakonas S;Sowa ME;De Camilli P;Paulo JA;Harper JW;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
4.8
作者：
Bae, Narkhyun;Gao, Min;Bedford, Mark T.
通讯作者：
Bedford, Mark T.