A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers.
A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers.
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DOI：
10.1016/j.ccell.2018.03.014
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发表时间：
2018-04-09
期刊：
影响因子：
50.3
通讯作者：
Akbani R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berger AC;Korkut A;Kanchi RS;Hegde AM;Lenoir W;Liu W;Liu Y;Fan H;Shen H;Ravikumar V;Rao A;Schultz A;Li X;Sumazin P;Williams C;Mestdagh P;Gunaratne PH;Yau C;Bowlby R;Robertson AG;Tiezzi DG;Wang C;Cherniack AD;Godwin AK;Kuderer NM;Rader JS;Zuna RE;Sood AK;Lazar AJ;Ojesina AI;Adebamowo C;Adebamowo SN;Baggerly KA;Chen TW;Chiu HS;Lefever S;Liu L;MacKenzie K;Orsulic S;Roszik J;Shelley CS;Song Q;Vellano CP;Wentzensen N;Cancer Genome Atlas Research Network;Weinstein JN;Mills GB;Levine DA;Akbani R
我们分析了2,579例四种妇科类型加乳腺癌的TCGA肿瘤的分子数据。我们的目标是确定共同的和独特的分子特征，临床上重要的亚型，和潜在的治疗靶点。我们发现了61个体细胞拷贝数改变（SCNAs）和46个显著突变的基因（SMG）。在先前针对个体肿瘤类型的TCGA研究中，未发现11种SCNA和11种SMG。我们发现了功能显著的雌激素受体调节的lncRNA和基因/lncRNA相互作用网络。通路分析确定了高白细胞浸润的亚型，提高了免疫治疗的潜在意义。使用16个关键分子特征，我们确定了5种预后亚型，并开发了一种决策树，根据临床实验室可评估的6个特征将患者分类为亚型。
We analyzed molecular data on 2,579 TCGA tumors of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and eleven SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated lncRNAs and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.
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关于癌症基因组地图集的泛伴奏蛋白质组学观点。
影响因子：
16.6
作者：
Akbani, Rehan;Ng, Patrick Kwok Shing;Werner, Henrica M. J.;Shahmoradgoli, Maria;Zhang, Fan;Ju, Zhenlin;Liu, Wenbin;Yang, Ji-Yeon;Yoshihara, Kosuke;Li, Jun;Ling, Shiyun;Seviour, Elena G.;Ram, Prahlad T.;Minna, John D.;Diao, Lixia;Tong, Pan;Heymach, John V.;Hill, Steven M.;Dondelinger, Frank;Stadler, Nicolas;Byers, Lauren A.;Meric-Bernstam, Funda;Weinstein, John N.;Broom, Bradley M.;Verhaak, Roeland G. W.;Liang, Han;Mukherjee, Sach;Lu, Yiling;Mills, Gordon B.
通讯作者：
Mills, Gordon B.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu558
发表时间：
2014-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chu J;Sadeghi S;Raymond A;Jackman SD;Nip KM;Mar R;Mohamadi H;Butterfield YS;Robertson AG;Birol I
通讯作者：
Birol I
影响因子：
3.8
作者：
Gonzalez-Angulo AM;Hennessy BT;Meric-Bernstam F;Sahin A;Liu W;Ju Z;Carey MS;Myhre S;Speers C;Deng L;Broaddus R;Lluch A;Aparicio S;Brown P;Pusztai L;Symmans WF;Alsner J;Overgaard J;Borresen-Dale AL;Hortobagyi GN;Coombes KR;Mills GB
通讯作者：
Mills GB
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv408
发表时间：
2015-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gehring JS;Fischer B;Lawrence M;Huber W
通讯作者：
Huber W