Two distinct binding modes provide the RNA-binding protein RbFox with extraordinary sequence specificity.
Two distinct binding modes provide the RNA-binding protein RbFox with extraordinary sequence specificity.
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两种不同的结合模式为 RNA 结合蛋白 RbFox 提供了非凡的序列特异性
DOI：
10.1038/s41467-023-36394-3
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发表时间：
2023-02-09
影响因子：
16.6
通讯作者：
Yang, Fan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ye, Xuan;Yang, Wen;Yi, Soon;Zhao, Yanan;Varani, Gabriele;Jankowsky, Eckhard;Yang, Fan
rna结合蛋白对靶序列的特异性差异很大。然而，尚不清楚某些少数蛋白质如何比大多数其他蛋白质显著地获得更高的序列特异性。本研究表明RbFox的RNA识别基序通过采用功能和结构上不同的结合模式实现了非凡的序列特异性。RbFox对所有结合位点变体的亲和力测量显示存在两种不同的结合模式。前者专门容纳同源和密切相关的高亲和力rna。第二种模式通过对非同源序列施加大的热力学惩罚来适应所有其他亲和力降低的rna。核磁共振研究表明，两种结合模式之间存在明显的结构差异，包括远离rna结合位点的大构象重排。单个rna结合模块的不同结合模式解释了非凡的序列选择性，并揭示了rna -蛋白相互作用中未知的功能多样性、串扰和调控层。
Specificity of RNA-binding proteins for target sequences varies considerably. Yet, it is not understood how certain few proteins achieve markedly higher sequence specificity than most others. Here we show that the RNA Recognition Motif of RbFox accomplishes extraordinary sequence specificity by employing functionally and structurally distinct binding modes. Affinity measurements of RbFox for all binding site variants reveal the existence of two distinct binding modes. The first exclusively accommodates cognate and closely related RNAs with high affinity. The second mode accommodates all other RNAs with reduced affinity by imposing large thermodynamic penalties on non-cognate sequences. NMR studies indicate marked structural differences between the two binding modes, including large conformational rearrangements distant from the RNA-binding site. Distinct binding modes by a single RNA-binding module explain extraordinary sequence selectivity and reveal an unknown layer of functional diversity, cross talk and regulation in RNA-protein interactions.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2017.03.002
发表时间：
2017-04-15
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
Jankowsky E;Harris ME
通讯作者：
Harris ME
影响因子：
8.6
作者：
Ferré-D'Amaré AR
通讯作者：
Ferré-D'Amaré AR
影响因子：
16.6
作者：
Cléry A;Krepl M;Nguyen CKX;Moursy A;Jorjani H;Katsantoni M;Okoniewski M;Mittal N;Zavolan M;Sponer J;Allain FH
通讯作者：
Allain FH
DOI：
10.1073/pnas.1913483117
发表时间：
2020-03-31
影响因子：
11.1
作者：
Kang, Hyun-Seo;Sanchez-Rico, Carolina;Sattler, Michael
通讯作者：
Sattler, Michael
影响因子：
14.8
作者：
Chen Y;Yang F;Zubovic L;Pavelitz T;Yang W;Godin K;Walker M;Zheng S;Macchi P;Varani G
通讯作者：
Varani G