Genome-wide analysis of the human p53 transcriptional network unveils a lncRNA tumour suppressor signature.
Genome-wide analysis of the human p53 transcriptional network unveils a lncRNA tumour suppressor signature.
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DOI：
10.1038/ncomms6812
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发表时间：
2014-12-19
影响因子：
16.6
通讯作者：
Huarte, Maite
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sanchez, Yolanda;Segura, Victor;Marin-Bejar, Oskar;Athie, Alejandro;Marchese, Francesco P.;Gonzalez, Jovanna;Bujanda, Luis;Guo, Shuling;Matheu, Ander;Huarte, Maite
尽管 p53 在癌症中的相关性无可争议，但将内源性 p53 活性与人类细胞中 lncRNA 表达相关的全基因组研究仍然缺失。在这里，通过将 RNA-seq 与 DNA 损伤下人类癌细胞系的 p53 ChIP-seq 分析相结合，我们定义了一组高置信度的 18 个 lncRNA，它们是 p53 转录靶点。我们证明，p53 与其一些靶基因有效结合、调节 p53 转录网络并通过 DNA 损伤诱导细胞凋亡需要两个 p53 调节的 lncRNA。我们还表明，结直肠癌样本中 p53-lncRNA 的表达降低，构成具有高诊断能力的肿瘤抑制信号。因此，p53调节的lncRNA建立了一个正向调节反馈环，增强了p53肿瘤抑制活性。此外，p53 调节的 lncRNA 定义的特征支持它们在临床中作为生物标志物和治疗靶点的潜在用途。 多项研究表明，p53 调节一些与细胞凋亡和增殖有关的长非编码 RNA (lncRNA) 的表达。在这里，通过整合 RNA-seq 和 ChIP-seq 分析，作者在 HCT116 结直肠癌细胞系中鉴定了 p53 调节的 lncRNA。
Despite the inarguable relevance of p53 in cancer, genome-wide studies relating endogenous p53 activity to the expression of lncRNAs in human cells are still missing. Here, by integrating RNA-seq with p53 ChIP-seq analyses of a human cancer cell line under DNA damage, we define a high-confidence set of 18 lncRNAs that are p53 transcriptional targets. We demonstrate that two of the p53-regulated lncRNAs are required for the efficient binding of p53 to some of its target genes, modulating the p53 transcriptional network and contributing to apoptosis induction by DNA damage. We also show that the expression of p53-lncRNAs is lowered in colorectal cancer samples, constituting a tumour suppressor signature with high diagnostic power. Thus, p53-regulated lncRNAs establish a positive regulatory feedback loop that enhances p53 tumour suppressor activity. Furthermore, the signature defined by p53-regulated lncRNAs supports their potential use in the clinic as biomarkers and therapeutic targets. Several studies have shown that p53 regulates the expression of some long noncoding RNAs (lncRNAs) implicated in apoptosis and proliferation. Here, by integrating RNA-seq and ChIP-seq analyses, the authors identify p53-regulated lncRNAs in the HCT116 colorectal cancer cell line.
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影响因子：
64.5
作者：
Huarte M;Guttman M;Feldser D;Garber M;Koziol MJ;Kenzelmann-Broz D;Khalil AM;Zuk O;Amit I;Rabani M;Attardi LD;Regev A;Lander ES;Jacks T;Rinn JL
通讯作者：
Rinn JL
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
4
作者：
Marques, Ana C.;Ponting, Chris P.
通讯作者：
Ponting, Chris P.