Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing.
Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing.
复制标题
DOI：
10.1038/nmeth.2276
复制
发表时间：
2013-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Caporaso, J. Gregory
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bokulich, Nicholas A.;Subramanian, Sathish;Faith, Jeremiah J.;Gevers, Dirk;Gordon, Jeffrey I.;Knight, Rob;Mills, David A.;Caporaso, J. Gregory
高通量测序已经彻底改变了微生物生态学，但读取质量仍然是微生物群落准确分类分配和α多样性评估的重要障碍。我们证明，高质量的读取长度和丰度是区分Illumina GAIIx，HiSeq和MiSeq仪器产生的正确读取和错误读取的主要因素。我们提出了用户定义的质量过滤策略的指导方针，使高质量的数据的有效提取，并促进Illumina测序结果的解释。
High-throughput sequencing has revolutionized microbial ecology, but read quality remains a significant barrier to accurate taxonomy assignment and alpha diversity assessment for microbial communities. We demonstrate that high-quality read length and abundance are the primary factors differentiating correct from erroneous reads produced by Illumina GAIIx, HiSeq, and MiSeq instruments. We present guidelines for user-defined quality-filtering strategies, enabling efficient extraction of high-quality data from, and facilitating interpretation of Illumina sequencing results.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1038/ismej.2012.8
发表时间：
2012-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Bokulich NA;Bamforth CW;Mills DA
通讯作者：
Mills DA
影响因子：
48
作者：
Quince, Christopher;Lanzen, Anders;Sloan, William T.
通讯作者：
Sloan, William T.
DOI：
10.1073/pnas.1000080107
发表时间：
2011-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Caporaso, J. Gregory;Lauber, Christian L.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
3.7
作者：
Bokulich NA;Joseph CM;Allen G;Benson AK;Mills DA
通讯作者：
Mills DA