A gene ontology inferred from molecular networks.
A gene ontology inferred from molecular networks.
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DOI：
10.1038/nbt.2463
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发表时间：
2013-01
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
本体论已被证明是非常有用的捕获知识作为一个层次结构的条款和他们的相互关系。在生物学中，一个主要的挑战是构建基因功能的本体，给出不完整的生物学知识和这些知识如何手动管理的不一致性。在这里，我们表明，在酿酒酵母中的基因和蛋白质相互作用的大型网络可以用来推断本体，其覆盖范围和权力是等同于那些手动策划的基因本体（GO）。网络提取本体（NeXO）包含4，123个生物术语和5，766个术语-术语关系，捕获了58%的已知细胞组件。我们还探索了最初未在GO中编目的强大NeXO术语和术语关系，其中一些现已根据我们的分析添加。使用定量遗传相互作用分析和化学基因组学，我们发现进一步支持许多未表征的条款确定的NeXO，包括多亚基结构相关的蛋白质运输或线粒体功能。这项工作使得从使用本体来评估数据到使用数据来构建和评估本体的转变成为可能。
Ontologies have proven very useful for capturing knowledge as a hierarchy of terms and their interrelationships. In biology a major challenge has been to construct ontologies of gene function given incomplete biological knowledge and inconsistencies in how this knowledge is manually curated. Here we show that large networks of gene and protein interactions in Saccharomyces cerevisiae can be used to infer an ontology whose coverage and power are equivalent to those of the manually curated Gene Ontology (GO). The network-extracted ontology (NeXO) contains 4,123 biological terms and 5,766 term-term relations, capturing 58% of known cellular components. We also explore robust NeXO terms and term relations that were initially not cataloged in GO, a number of which have now been added based on our analysis. Using quantitative genetic interaction profiling and chemogenomics, we find further support for many of the uncharacterized terms identified by NeXO, including multisubunit structures related to protein trafficking or mitochondrial function. This work enables a shift from using ontologies to evaluate data to using data to construct and evaluate ontologies.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq197
发表时间：
2010-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Jaimovich A;Rinott R;Schuldiner M;Margalit H;Friedman N
通讯作者：
Friedman N
影响因子：
--
作者：
Collins, Sean R.;Roguev, Assen;Krogan, Nevan J.
通讯作者：
Krogan, Nevan J.
DOI：
10.1073/pnas.0911500106
发表时间：
2009-12-01
影响因子：
11.1
作者：
Evrin, Cecile;Clarke, Pippa;Speck, Christian
通讯作者：
Speck, Christian
影响因子：
7
作者：
Gibbons, FD;Roth, FP
通讯作者：
Roth, FP
影响因子：
3.7
作者：
Dotan-Cohen D;Letovsky S;Melkman AA;Kasif S
通讯作者：
Kasif S