Coadaptation of isoacceptor tRNA genes and codon usage bias for translation efficiency in Aedes aegypti and Anopheles gambiae.
Coadaptation of isoacceptor tRNA genes and codon usage bias for translation efficiency in Aedes aegypti and Anopheles gambiae.
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DOI：
10.1111/j.1365-2583.2010.01055.x
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发表时间：
2011-04
影响因子：
2.6
通讯作者：
Severson DW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Behura SK;Severson DW
转移RNAs(TRNA)是翻译机构的重要组成部分。我们确定了埃及伊蚊和冈比亚按蚊的tRNA同工受体(具有不同反密码子但在蛋白质合成中含有相同氨基酸的tRNA)显示出不同的拷贝数丰度、基因组分布模式和序列进化。在Ae中，tRNA-Ala基因以异常高的拷贝数存在。埃及伊蚊的基因组，但不是在一个。冈比亚亚目。Ae.多个tRNA-Ala基因埃及伊蚊的两侧有一个高度保守的序列，这是在埃及伊蚊中没有观察到的。冈比亚亚目。在这两个物种中，tRNA等受体基因的相对丰度与~2-4%的预测蛋白质编码基因的偏好(或最佳)和非偏好(或稀有)密码子相关。这些基因中的大部分(~74-85%)与翻译、能量代谢和碳水化合物代谢途径有关。我们的结果表明，这些基因和相关途径可能在这些蚊子中处于翻译选择之下。
The transfer RNAs (tRNA) are essential components of translational machinery. We determined that tRNA isoacceptors (tRNAs with different anticodons but incorporating the same amino acid in protein synthesis) show differential copy number abundance, genomic distribution patterns and sequence evolution between Aedes aegypti and Anopheles gambiae mosquitoes. The tRNA-Ala genes are present in unusually high copy number in the Ae. aegypti genome but not in An. gambiae. Many of the tRNA-Ala genes of Ae. aegypti are flanked by a highly conserved sequence that is not observed in An. gambiae. The relative abundance of tRNA isoacceptor genes is correlated with preferred (or optimal) and non-preferred (or rare) codons for ~2–4% of the predicted protein coding genes in both species. The majority (~ 74–85%) of these genes are related to pathways involved with translation, energy metabolism and carbohydrate metabolism. Our results suggest these genes and the related pathways may be under translational selection in these mosquitoes.
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影响因子：
3.9
作者：
Grosjean, H;SzweykowskaKulinska, Z;Simos, G
通讯作者：
Simos, G
影响因子：
3.7
作者：
Fujishima, Kosuke;Sugahara, Junichi;Kanai, Akio
通讯作者：
Kanai, Akio
影响因子：
3.9
作者：
Kanaya, S;Yamada, Y;Ikemura, T
通讯作者：
Ikemura, T
影响因子：
3.5
作者：
Kanaya, S;Yamada, Y;Ikemura, T
通讯作者：
Ikemura, T
DOI：
10.1007/bf01965537
发表时间：
1981-01-01
期刊：
EXPERIENTIA
影响因子：
--
作者：
KUBLI, E
通讯作者：
KUBLI, E