Combining chromatin immunoprecipitation and DNA footprinting: a novel method to analyze protein-DNA interactions in vivo.
Combining chromatin immunoprecipitation and DNA footprinting: a novel method to analyze protein-DNA interactions in vivo.
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结合染色质免疫沉淀和 DNA 足迹：一种分析体内蛋白质-DNA 相互作用的新方法。
DOI：
10.1093/nar/30.10.e44
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发表时间：
2002
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bungert,Jörg
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kang,Sung-HaeLee;Vieira,Karen;Bungert,Jörg
有多种方法可用于分析体内蛋白质-DNA 相互作用。其中最重要的两种方法是染色质免疫沉淀 (ChIP) 和体内足迹法。这两种程序都有特定的限制。例如，ChIP 测定无法记录蛋白质在体内的确切结合位置。使用针对 DNA 结合蛋白的抗体沉淀 DNA 的特定片段并不一定表明该蛋白直接与沉淀物中的序列相互作用，而可能反映了蛋白质与蛋白质之间的相互作用。此外，如果分析的 DNA 序列仅在细胞的某一部分中与特定蛋白质结合，则体内足迹研究的结果是不确定的。最后，体内足迹并不表明哪种蛋白质结合在特定位点。我们开发了一种新程序，将 ChIP 测定和 DMS 足迹技术相结合。使用这种方法，我们在这里展示了 USF1 和 NF-E2 特异性抗体在 MEL 细胞中沉淀鼠 β-珠蛋白启动子。用 NF-E2 抗体沉淀的 DNA 的 DMS 足迹分析揭示了对 β-珠蛋白下游启动子区域中部分 NF-E2 结合位点的保护。我们相信，这种新方法通常将使有兴趣分析体内蛋白质-DNA 相互作用的研究人员受益。
A variety of methods are available to analyze protein–DNA interactionsin vivo. Two of the most prominent of these methods are chromatin immunoprecipitation (ChIP) andin vivofootprinting. Both of these procedures have specific limitations. For example, the ChIP assay fails to document where exactly a protein bindsin vivo. The precipitation of a specific segment of DNA with antibodies directed against DNA-binding proteins does not necessarily indicate that the protein directly interacts with a sequence in the precipitate but could rather reflect protein–protein interactions. Furthermore, the results ofin vivofootprinting studies are inconclusive if a DNA sequence is analyzed that is bound by a specific protein in only a certain fraction of cells. Finally,in vivofootprinting does not indicate which protein is bound at a specific site. We have developed a new procedure that combines the ChIP assay and DMS footprinting techniques. Using this method we show here that antibodies specific for USF1 and NF-E2 precipitate the murine β-globin promoter in MEL cells. DMS footprinting analysis of the DNA precipitated with NF-E2 antibodies revealed a protection over a partial NF-E2-binding site in the β-globin downstream promoter region. We believe that this novel method will generally benefit investigators interested in analyzing protein–DNA interactionsin vivo.
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