Screening of polymorphic microsatellites and their application for Saccharina angustata and Saccharina longissima population genetic analysis
Screening of polymorphic microsatellites and their application for Saccharina angustata and Saccharina longissima population genetic analysis
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窄糖和长糖多态性微卫星的筛选及其在群体遗传分析中的应用
DOI：
10.1007/s10811-019-01798-6
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发表时间：
2019-04
影响因子：
3.3
通讯作者：
Duan Delin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Jie;Wang Xiuliang;Yao Jianting;Yotsukura Norishige;Duan Delin
angustata和S. longissima是生态和经济上重要的海藻。到目前为止，还没有微卫星标记可用于S。angustata和S. longissima，因为缺乏基因组数据。在这里，我们开发了多态性的简单序列重复（SSR）在S。longissima和S.并将这些标记用于进一步的群体遗传分析。交叉扩增试验表明，11个SSR位点在S. angustata和S.最长的11个位点的多态信息含量值（PIC）显示，除SJ 31（PIC = 0.482）外，其余10个位点（PIC = 0.552-0.908）均具有高度多态性（PIC 0.5）。多态性分析表明，10个位点在3个品种中均表现出较高的多态性。japonica和两个相关物种。遗传多样性分析证实了这些标记在评估这些海带的遗传多样性水平的有效性。STRUCTURE和NJ树分析结果表明，这10个微卫星可以有效地评价不同海带群体间的亲缘关系。结果表明，这10个多态性微卫星标记可有效地应用于黑木耳的遗传分析。
Saccharina angustata and S. longissima are ecologically and economically important seaweeds. So far, no microsatellite marker was available to S. angustata and S. longissima due to a lack of genomic data. Here, we developed polymorphic simple sequence repeats (SSRs) in S. longissima and S. angustata and applied these markers for further population genetic analysis. Cross-amplification tests showed that 11 SSR loci exhibited high amplification rate in S. angustata and S. longissima. Polymorphic information content values (PIC) of 11 loci showed 10 loci (PIC = 0.552–0.908), except for SJ31 (PIC = 0.482), have high polymorphism (PIC > 0.5). Polymorphism tests indicated that 10 loci have high polymorphism in three varieties of S. japonica and two related species. Genetic diversity analysis confirmed the validation of these markers in accessing the genetic diversity level of these kelps. STRUCTURE and NJ tree results indicated these 10 microsatellites are effective in evaluating the genetic relationship among different kelp populations. As results, these 10 polymorphic microsatellite markers are valid to Saccharina genetic analysis.
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