Tissue-specific Co-expression of Long Non-coding and Coding RNAs Associated with Breast Cancer.
Tissue-specific Co-expression of Long Non-coding and Coding RNAs Associated with Breast Cancer.
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DOI：
10.1038/srep32731
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发表时间：
2016-09-06
影响因子：
4.6
通讯作者：
He C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu W;Wagner EK;Hao Y;Rao X;Dai H;Han J;Chen J;Storniolo AMV;Liu Y;He C
推断lncRNAs在乳腺癌发生中的生物学作用仍然是一个挑战。在这里，我们分析了18例乳腺癌患者和18名健康对照的肿瘤和正常乳腺组织中的RNA-seq数据，并构建了一个功能性的lncRNA-mRNA共表达网络。我们揭示了与乳腺癌相关的两种不同的共表达模式，反映了不同的潜在调控机制：(1)516对LncRNA-mRNAs具有不同的共表达模式，其中LncRNA与mRNA在肿瘤组织和正常乳腺组织中的表达不同；(2)291对LncRNA-mRNAs具有剂量-反应共表达模式，其相关性相似，但在两种组织类型中LncRNA或mRNA的表达水平不同。我们进一步验证了我们在TCGA数据集的发现，并使用TANRIC注释了LncRNAs。在肿瘤和正常乳腺组织中发现了一个新的lncRNA，位于8p12上的AC145110.1与127个mRNAs(包括TOX4和MAEL)差异共表达，并且与乳腺癌的临床预后高度相关。功能丰富和通路分析确定了不同模式的共表达调控的不同生物学功能。我们的数据提示，lncRNAs可能通过调节多条病理途径中的基因表达而参与乳腺肿瘤的发生。
Inference of the biological roles of lncRNAs in breast cancer development remains a challenge. Here, we analyzed RNA-seq data in tumor and normal breast tissue samples from 18 breast cancer patients and 18 healthy controls and constructed a functional lncRNA-mRNA co-expression network. We revealed two distinctive co-expression patterns associated with breast cancer, reflecting different underlying regulatory mechanisms: (1) 516 pairs of lncRNA-mRNAs have differential co-expression pattern, in which the correlation between lncRNA and mRNA expression differs in tumor and normal breast tissue; (2) 291 pairs have dose-response co-expression pattern, in which the correlation is similar, but the expression level of lncRNA or mRNA differs in the two tissue types. We further validated our findings in TCGA dataset and annotated lncRNAs using TANRIC. One novel lncRNA, AC145110.1 on 8p12, was found differentially co-expressed with 127 mRNAs (including TOX4 and MAEL) in tumor and normal breast tissue and also highly correlated with breast cancer clinical outcomes. Functional enrichment and pathway analyses identified distinct biological functions for different patterns of co-expression regulations. Our data suggested that lncRNAs might be involved in breast tumorigenesis through the modulation of gene expression in multiple pathologic pathways.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
37.3
作者：
Gibb EA;Brown CJ;Lam WL
通讯作者：
Lam WL
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
DOI：
10.1126/science.1203430
发表时间：
2011-06-10
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cotta-Ramusino C;McDonald ER 3rd;Hurov K;Sowa ME;Harper JW;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
影响因子：
3.9
作者：
du Puch, Christophe Bounaix Morand;Barbier, Ewa;Breton, Jean
通讯作者：
Breton, Jean