Computed structures of core eukaryotic protein complexes.
Computed structures of core eukaryotic protein complexes.
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DOI：
10.1126/science.abm4805
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发表时间：
2021-12-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Baker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Humphreys IR;Pei J;Baek M;Krishnakumar A;Anishchenko I;Ovchinnikov S;Zhang J;Ness TJ;Banjade S;Bagde SR;Stancheva VG;Li XH;Liu K;Zheng Z;Barrero DJ;Roy U;Kuper J;Fernández IS;Szakal B;Branzei D;Rizo J;Kisker C;Greene EC;Biggins S;Keeney S;Miller EA;Fromme JC;Hendrickson TL;Cong Q;Baker D
蛋白质-蛋白质相互作用在生物学中发挥着关键作用，但许多真核蛋白质复合物的结构尚不清楚，并且可能还有许多相互作用尚未确定。我们利用蛋白质组氨基酸共进化分析和基于深度学习的结构建模的进展，系统地识别和构建酿酒酵母蛋白质组内核心真核蛋白复合物的准确模型。我们使用RoseTTAFold和AlphaFold的组合来筛选830万对酵母蛋白的配对多重序列比对，确定1,505个可能相互作用的蛋白，并为106个先前未识别的组件和806个尚未进行结构表征的组件构建结构模型。这些复合物有多达5个亚基，在真核细胞的几乎所有关键过程中发挥作用，并为生物学功能提供了广泛的见解。
Protein-protein interactions play critical roles in biology, but the structures of many eukaryotic protein complexes are unknown, and there are likely many interactions not yet identified. We take advantage of advances in proteome-wide amino acid coevolution analysis and deep-learning-based structure modeling to systematically identify and build accurate models of core eukaryotic protein complexes within the Saccharomyces cerevisiae proteome. We use a combination of RoseTTAFold and AlphaFold to screen through paired multiple sequence alignments for 8.3 million pairs of yeast proteins, identify 1,505 likely to interact, and build structure models for 106 previously unidentified assemblies and 806 that have not been structurally characterized. These complexes, which have as many as 5 subunits, play roles in almost all key processes in eukaryotic cells and provide broad insights into biological function.
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影响因子：
16.6
作者：
Green AG;Elhabashy H;Brock KP;Maddamsetti R;Kohlbacher O;Marks DS
通讯作者：
Marks DS
影响因子：
16.8
作者：
Conway, AB;Lynch, TW;Rice, PA
通讯作者：
Rice, PA
影响因子：
6.4
作者：
Clum A;Huntemann M;Bushnell B;Foster B;Foster B;Roux S;Hajek PP;Varghese N;Mukherjee S;Reddy TBK;Daum C;Yoshinaga Y;O'Malley R;Seshadri R;Kyrpides NC;Eloe-Fadrosh EA;Chen IA;Copeland A;Ivanova NN
通讯作者：
Ivanova NN
SPO11核心复合物的结构和功能表征。
影响因子：
16.8
作者：
Claeys Bouuaert C;Tischfield SE;Pu S;Mimitou EP;Arias-Palomo E;Berger JM;Keeney S
通讯作者：
Keeney S
DOI：
10.1083/jcb.200607151
发表时间：
2007-01-29
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Behnia R;Barr FA;Flanagan JJ;Barlowe C;Munro S
通讯作者：
Munro S