A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry-based proteomics.
A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry-based proteomics.
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DOI：
10.1038/nmeth.1333
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发表时间：
2009-06
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Bergeron, John J. M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bell, Alexander W.;Deutsch, Eric W.;Au, Catherine E.;Kearney, Robert E.;Beavis, Ron;Sechi, Salvatore;Nilsson, Tommy;Bergeron, John J. M.
我们进行了一项测试样本研究，试图在基于LC-MS的蛋白质组学中识别导致不可重复性的错误，包括肽采样的不完整性。我们将一份由20种高度纯化的重组人蛋白等摩尔混合物组成的测试样本分发给27个实验室进行鉴定。每种蛋白质都含有一个或多个1250Da的独特胰蛋白酶多肽，以测试质谱仪中的离子选择和采样。在27个实验室中，最初只有7个实验室报告了所有20个蛋白质的正确，只有1个实验室报告了1250Da的所有胰蛋白酶多肽。然而，随后对原始数据的集中分析显示，所有27个实验室实际上都检测到了所有20种蛋白质和1250 Da多肽中的大部分。集中分析使我们能够确定研究中遇到的问题的来源，其中包括遗漏鉴定(假阴性)、环境污染、数据库匹配和蛋白质鉴定的精准。改进的搜索引擎和数据库可能会提高基于质谱学的蛋白质组学的保真度。
We carried out a test sample study to try to identify errors leading to irreproducibility, including incompleteness of peptide sampling, in LC-MS-based proteomics. We distributed a test sample consisting of an equimolar mix of 20 highly purified recombinant human proteins, to 27 laboratories for identification. Each protein contained one or more unique tryptic peptides of 1250 Da to also test for ion selection and sampling in the mass spectrometer. Of the 27 labs, initially only 7 labs reported all 20 proteins correctly, and only 1 lab reported all the tryptic peptides of 1250 Da. Nevertheless, a subsequent centralized analysis of the raw data revealed that all 20 proteins and most of the 1250 Da peptides had in fact been detected by all 27 labs. The centralized analysis allowed us to determine sources of problems encountered in the study, which include missed identifications (false negatives), environmental contamination, database matching, and curation of protein identifications. Improved search engines and databases are likely to increase the fidelity of mass spectrometry-based proteomics.
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