MetalPDB: a database of metal sites in biological macromolecular structures.
MetalPDB: a database of metal sites in biological macromolecular structures.
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DOI：
10.1093/nar/gks1063
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rosato A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andreini C;Cavallaro G;Lorenzini S;Rosato A
我们在此介绍 MetalPDB（可在 http://metalweb.cerm.unifi.it 上免费访问），这是一种新颖的资源，旨在以一致且有效的方式传达金属结合生物大分子三维 (3D) 结构的可用信息。这是通过最小功能位点 (MFS) 系统地、自动地表示蛋白质和核酸中的金属结合位点来实现的。 MFS 是 3D 模板，描述金属周围的局部环境，独立于嵌入位点的大分子结构的更大背景，并且是 MetalPDB 设计的中心对象。 MFS分为等结构位点（广义定义为在相似结构中相应位置发现的位点）和等效位点（包含相同金属的等结构位点），使用户能够轻松分析金属-大分子相互作用的相似性和变化，并将其与功能信息联系起来。 MetalPDB 的网络界面允许访问含金属生物结构的全面概述，为研究控制这些系统特性的基本原理提供了基础。 MetalPDB 每月以自动方式更新。
We present here MetalPDB (freely accessible at http://metalweb.cerm.unifi.it), a novel resource aimed at conveying the information available on the three-dimensional (3D) structures of metal-binding biological macromolecules in a consistent and effective manner. This is achieved through the systematic and automated representation of metal-binding sites in proteins and nucleic acids by way of Minimal Functional Sites (MFSs). MFSs are 3D templates that describe the local environment around the metal(s) independently of the larger context of the macromolecular structure embedding the site(s), and are the central objects of MetalPDB design. MFSs are grouped into equistructural (broadly defined as sites found in corresponding positions in similar structures) and equivalent sites (equistructural sites that contain the same metals), allowing users to easily analyse similarities and variations in metal–macromolecule interactions, and to link them to functional information. The web interface of MetalPDB allows access to a comprehensive overview of metal-containing biological structures, providing a basis to investigate the basic principles governing the properties of these systems. MetalPDB is updated monthly in an automated manner.
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