Modularity and diversity of target selectors in Tn7 transposons.
Modularity and diversity of target selectors in Tn7 transposons.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2023.05.013
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发表时间：
2023-06-15
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Zhang, Feng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Faure, Guilhem;Saito, Makoto;Benler, Sean;Peng, Iris;Wolf, Yuri I.;Strecker, Jonathan;Altae-Tran, Han;Neumann, Edwin;Li, David;Makarova, Kira S.;Macrae, Rhiannon K.;V. Koonin, Eugene;Zhang, Feng
为了传播，转座子必须整合到目标位点而不破坏必需基因，同时避开宿主防御系统。 Tn7 样转座子采用多种机制进行靶位点选择，包括蛋白质引导的靶向，以及 CRISPR 相关转座子 (CAST) 中的 RNA 引导的靶向。结合系统发育和结构分析，我们对目标选择器进行了广泛的调查，揭示了 Tn7 用于识别目标位点的多种机制，包括在新发现的转座元件 (TE) 中发现的先前未表征的目标选择器蛋白。我们通过实验表征了 CAST I-D 系统和 Tn6022 样转座子，该转座子使用 TnsF（包含失活的酪氨酸重组酶结构域）来靶向 comM 基因。此外，我们还发现了一个非 Tn7 转座子 Tsy，它编码具有活性酪氨酸重组酶结构域的 TnsF 同源物，我们发现它也插入到 comM 中。我们的研究结果表明，Tn7 转座子采用模块化架构并从各种来源增选目标选择器来优化目标选择并驱动转座子传播。对 Tn7 样转座子的广泛调查阐明了它们的靶标选择策略 I-D 型 CAST 通过 RNA 引导和蛋白质介导的机制进行转座 转座子编码的 TnsF 是一种针对 comM 基因的新型靶标选择器 Tsy 是一种酪氨酸重组酶转座子，与 Tn7 样 Tn6022 Faure 等人共享 TnsF。使用系统发育和结构方法系统地调查转座子目标选择器，揭示了促进转座子传播的模块化架构。通过这项工作，他们确定了一个新的目标选择器 TnsF 和一个以前未表征的转座元件 Tsy。
To spread, transposons must integrate into target sites without disruption of essential genes while avoiding host defense systems. Tn7-like transposons employ multiple mechanisms for target-site selection, including protein-guided targeting and, in CRISPR-associated transposons (CASTs), RNA-guided targeting. Combining phylogenomic and structural analyses, we conducted a broad survey of target selectors, revealing diverse mechanisms used by Tn7 to recognize target sites, including previously uncharacterized target-selector proteins found in newly discovered transposable elements (TEs). We experimentally characterized a CAST I-D system and a Tn6022-like transposon that uses TnsF, which contains an inactivated tyrosine recombinase domain, to target the comM gene. Additionally, we identified a non-Tn7 transposon, Tsy, encoding a homolog of TnsF with an active tyrosine recombinase domain, which we show also inserts into comM. Our findings show that Tn7 transposons employ modular architecture and co-opt target selectors from various sources to optimize target selection and drive transposon spread. A broad survey of Tn7-like transposons clarifies their target selection strategies Type I-D CASTs transpose via both RNA-guided and protein-mediated mechanisms Transposon-encoded TnsF is a novel target selector that targets the comM gene Tsy is a tyrosine recombinase transposon that shares TnsF with Tn7-like Tn6022 Faure et al. use phylogenomic and structural approaches to systematically survey transposon target selectors, revealing a modular architecture that promotes transposon spread. Through this work, they identified a new target selector, TnsF, and a previously uncharacterized transposable element, Tsy.
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影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
64.8
作者：
Halpin-Healy, Tyler S.;Klompe, Sanne E.;Fernandez, Israel S.
通讯作者：
Fernandez, Israel S.
影响因子：
7.7
作者：
Bebel, Aleksandra;Karaca, Ezgi;Barabas, Orsolya
通讯作者：
Barabas, Orsolya
影响因子：
4.9
作者：
Dyda, Fred;Hickman, Alison B.
通讯作者：
Hickman, Alison B.