Analysis of transcription factor interactions in osteoblasts using competitive chromatin immunoprecipitation.
Analysis of transcription factor interactions in osteoblasts using competitive chromatin immunoprecipitation.
复制标题
使用竞争性染色质免疫沉淀分析成骨细胞中的转录因子相互作用。
DOI：
10.1093/nar/gkn022
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发表时间：
2008-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Franceschi, Renny T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roca, Hernan;Franceschi, Renny T.
染色质免疫沉淀（ChIP）是一种广泛应用于定量活细胞中蛋白质- dna相互作用的技术。这种方法通常使用固定的（交联的）染色质，通过超声（X-ChIP）破碎。我们开发了一种简单的新芯片程序，用于在没有交联（N-ChIP）的情况下从成骨细胞中分离的超声染色质的免疫沉淀。非交联染色质的使用允许开发一种新的ChIP测定方法：N-ChIP结合含有单个转录因子特定结合位点的双链寡核苷酸（竞争性N-ChIP）。使用这种方法，我们能够区分骨钙素和骨唾液蛋白基因中Runx2转录因子的单个结合位点，这是传统X-ChIP无法分辨的。N-ChIP分析还能够检测到其他几种类型的染色质相互作用，包括与Dlx同源结构域因子和核蛋白（如Sin3a）的相互作用，这些核蛋白缺乏内在的dna结合基序，因此通过与其他蛋白质的相互作用与染色质结合。
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely used technique for quantifying protein–DNA interactions in living cells. This method commonly uses fixed (crosslinked) chromatin that is fragmented by sonication (X-ChIP). We developed a simple new ChIP procedure for the immunoprecipitation of sonicated chromatin isolated from osteoblasts in the absence of crosslinking (N-ChIP). The use of noncrosslinked chromatin allowed development of a new modification of the ChIP assay: the combination of N-ChIP and competition with double-stranded oligonucleotides containing specific binding sites for individual transcription factors (Competitive N-ChIP). Using this approach, we were able to discriminate between individual binding sites for the Runx2 transcription factor in the osteocalcin and bone sialoprotein genes that cannot be resolved by traditional X-ChIP. N-ChIP assays were also able to detect several other types of chromatin interactions including those with Dlx homeodomain factors and nuclear proteins such as Sin3a that lack an intrinsic DNA-binding motif and, therefore, bind to chromatin via interactions with other proteins.
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影响因子：
4.8
作者：
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Robledo, RF;Rajan, L;Lufkin, T
通讯作者：
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作者：
Orlando, V
通讯作者：
Orlando, V
DOI：
10.1006/meth.1996.0407
发表时间：
1997-02-01
期刊：
METHODS-A COMPANION TO METHODS IN ENZYMOLOGY
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--
作者：
Orlando, V;Strutt, H;Paro, R
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作者：
Mundlos, S;Otto, F;Olsen, BR
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