Programmable in situ amplification for multiplexed imaging of mRNA expression.
Programmable in situ amplification for multiplexed imaging of mRNA expression.
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DOI：
10.1038/nbt.1692
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发表时间：
2010-11
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
原位杂交方法使得能够在完整的生物样品内映射mRNA表达。目前的方法，它是具有挑战性的，同时映射多个目标mRNA内的整装脊椎动物胚胎-一个重大的限制，试图研究相互作用的调控元件在系统中最相关的人类发育和疾病。在这里，我们报告了一个多重荧光原位杂交方法的基础上正交扩增杂交链反应（HCR）。使用这种方法，与mRNA靶互补的RNA探针触发链式反应，其中荧光团标记的RNA发夹自组装成系留的荧光扩增聚合物。这些扩增级联的可编程性和序列特异性使多个HCR放大器能够在同一样品中同时正交操作。当在固定的整装和切片的斑马鱼胚胎中同时成像五种靶mRNA时，实现了稳健的性能。HCR放大器表现出优异的样品穿透性、高信号背景比和尖锐的信号定位。
In situ hybridization methods enable the mapping of mRNA expression within intact biological samples. With current approaches, it is challenging to simultaneously map multiple target mRNAs within whole-mount vertebrate embryos – a significant limitation in attempting to study interacting regulatory elements in systems most relevant to human development and disease. Here, we report a multiplexed fluorescent in situ hybridization method based on orthogonal amplification with hybridization chain reactions (HCR). Using this approach, RNA probes complementary to mRNA targets trigger chain reactions in which fluorophore-labeled RNA hairpins self-assemble into tethered fluorescent amplification polymers. The programmability and sequence specificity of these amplification cascades enable multiple HCR amplifiers to operate orthogonally at the same time in the same sample. Robust performance is achieved when imaging five target mRNAs simultaneously in fixed whole-mount and sectioned zebrafish embryos. HCR amplifiers exhibit excellent sample penetration, high signal-to-background, and sharp signal localization.
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影响因子：
48
作者：
Raj, Arjun;van den Bogaard, Patrick;Rifkin, Scott A.;van Oudenaarden, Alexander;Tyagi, Sanjay
通讯作者：
Tyagi, Sanjay
DOI：
10.1073/pnas.0407024101
发表时间：
2004-10-26
影响因子：
11.1
作者：
Dirks, RM;Pierce, NA
通讯作者：
Pierce, NA
影响因子：
16.6
作者：
Feldkamp, Udo;Niemeyer, Christof M.
通讯作者：
Niemeyer, Christof M.
影响因子：
1.6
作者：
TAUTZ, D;PFEIFLE, C
通讯作者：
PFEIFLE, C
影响因子：
56.9
作者：
Femino, A;Fay, FS;Singer, RH
通讯作者：
Singer, RH