JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
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DOI：
10.1093/nar/gkm955
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sandelin A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bryne JC;Valen E;Tang MH;Marstrand T;Winther O;da Piedade I;Krogh A;Lenhard B;Sandelin A
Jaspar是一个流行的开放访问数据库，用于描述转录因子和其他DNA模式的DNA结合偏好的矩阵模型。随着第三个主要版本的发布，Jaspar已经进行了扩展，并配备了针对普通用户和高级用户的附加功能。Jaspar数据库的核心-Jaspar核心子数据库-的大小增加了12%，并增加了三个新的专门子数据库。新的功能包括根据相似性对矩阵模型进行分组，通过从选定的现有模型集抽样生成随机矩阵，以及用于矩阵检索的独立于语言的Web服务应用程序编程接口。JASPAR可在http://jaspar.genereg.net.上获得
JASPAR is a popular open-access database for matrix models describing DNA-binding preferences for transcription factors and other DNA patterns. With its third major release, JASPAR has been expanded and equipped with additional functions aimed at both casual and power users. The heart of the JASPAR database—the JASPAR CORE sub-database—has increased by 12% in size, and three new specialized sub-databases have been added. New functions include clustering of matrix models by similarity, generation of random matrices by sampling from selected sets of existing models and a language-independent Web Service applications programming interface for matrix retrieval. JASPAR is available at http://jaspar.genereg.net.
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