Cell type-specific genetic regulation of gene expression across human tissues.
Cell type-specific genetic regulation of gene expression across human tissues.
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DOI：
10.1126/science.aaz8528
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发表时间：
2020-09-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lappalainen T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim-Hellmuth S;Aguet F;Oliva M;Muñoz-Aguirre M;Kasela S;Wucher V;Castel SE;Hamel AR;Viñuela A;Roberts AL;Mangul S;Wen X;Wang G;Barbeira AN;Garrido-Martín D;Nadel BB;Zou Y;Bonazzola R;Quan J;Brown A;Martinez-Perez A;Soria JM;GTEx Consortium;Getz G;Dermitzakis ET;Small KS;Stephens M;Xi HS;Im HK;Guigó R;Segrè AV;Stranger BE;Ardlie KG;Lappalainen T
基因型-组织表达（GTEx）项目已经在广泛的人体组织中鉴定了大多数基因的顺式表达和剪接数量性状位点（qtl）。然而，这些qtl的功能表征受到GTEx组织样品异质性细胞组成的限制。在这里，我们绘制了细胞类型丰度和基因型计算估计值之间的相互作用图，以鉴定7种细胞类型的细胞类型相互作用qtl，并表明细胞类型相互作用qtl比大量组织顺式eqtl提供了更精细的组织特异性分辨率。对87个复杂性状的遗传关联分析显示了细胞类型相互作用qtl的贡献，并使发现了数百个以前未识别的共定位位点，这些位点被隐藏在大量组织中。估计的细胞类型丰度从整个组织的大量RNA-seq揭示了数量性状位点的细胞特异性。
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project has identified expression and splicing quantitative trait loci in cis (QTLs) for the majority of genes across a wide range of human tissues. However, the functional characterization of these QTLs has been limited by the heterogeneous cellular composition of GTEx tissue samples. Here, we map interactions between computational estimates of cell type abundance and genotype to identify cell type interaction QTLs for seven cell types and show that cell type interaction eQTLs provide finer resolution to tissue specificity than bulk tissue cis-eQTLs. Analyses of genetic associations with 87 complex traits show a contribution from cell type interaction QTLs and enables the discovery of hundreds of previously unidentified colocalized loci that are masked in bulk tissue. Estimated cell type abundances from bulk RNA-seq across tissues reveal the cellular specificity of quantitative trait loci.
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影响因子：
5.8
作者：
Gogarten, Stephanie M.;Sofer, Tamar;Conomos, Matthew P.
通讯作者：
Conomos, Matthew P.
影响因子：
9.8
作者：
Allen, Mariet;Carrasquillo, Minerva M.;Funk, Cory;Heavner, Benjamin D.;Zou, Fanggeng;Younkin, Curtis S.;Burgess, Jeremy D.;Chai, High-Seng;Crook, Julia;Eddy, James A.;Li, Hongdong;Logsdon, Ben;Peters, Mette A.;Dang, Kristen K.;Wang, Xue;Serie, Daniel;Wang, Chen;Thuy Nguyen;Lincoln, Sarah;Malphrus, Kimberly;Bisceglio, Gina;Li, Ma;Golde, Todd E.;Mangravite, Lara M.;Asmann, Yan;Price, Nathan D.;Petersen, Ronald C.;Graff-Radford, Neill R.;Dickson, Dennis W.;Younkin, Steven G.;Ertekin-Taner, Nilufer
通讯作者：
Ertekin-Taner, Nilufer
影响因子：
30.8
作者：
Fairfax, Benjamin P.;Makino, Seiko;Radhakrishnan, Jayachandran;Plant, Katharine;Leslie, Stephen;Dilthey, Alexander;Ellis, Peter;Langford, Cordelia;Vannberg, Fredrik O.;Knight, Julian C.
通讯作者：
Knight, Julian C.
影响因子：
48
作者：
Habib N;Avraham-Davidi I;Basu A;Burks T;Shekhar K;Hofree M;Choudhury SR;Aguet F;Gelfand E;Ardlie K;Weitz DA;Rozenblatt-Rosen O;Zhang F;Regev A
通讯作者：
Regev A
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium