AHD2.0: an update version of Arabidopsis Hormone Database for plant systematic studies.
AHD2.0: an update version of Arabidopsis Hormone Database for plant systematic studies.
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AHD2.0：用于植物系统研究的拟南芥激素数据库的更新版本。
DOI：
10.1093/nar/gkq1066
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Guo H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang Z;Liu X;Peng Z;Wan Y;Ji Y;He W;Wan W;Luo J;Guo H
植物激素的研究使我们了解了植物对各种变化的反应。为了提供参与植物激素调节的基因的系统和全面的视图，已经开发了在线可访问的数据库拟南芥激素数据库（AHD），其是模式生物拟南芥（AHRGs）的激素相关基因的集合。最近，我们通过添加几个显著特征将我们的数据库从AHD更新到新版本AHD2.0：（i）基于最新出版物更新我们的AHRG集合，以及构建每个激素生物合成和信号传导途径的详细示意图;（ii）将OrthoMCL-DB中列出的测序植物的直系同源物添加到更新的数据库中的每个AHRG;（iv）根据文献挖掘整合与每个AHRG遗传相互作用的基因;（v）提供强大的在线分析平台WebLab的链接，以方便及时进行生物信息学分析，以及（vi）提供广泛使用的蛋白质数据库的链接，并整合更多的表达谱信息，这将有助于用户进行与植物激素研究相关的更系统和综合的分析。
Phytohormone studies enlightened our knowledge of plant responses to various changes. To provide a systematic and comprehensive view of genes participating in plant hormonal regulation, an online accessible database Arabidopsis Hormone Database (AHD) has been developed, which is a collection of hormone related genes of the model organism Arabidopsis thaliana (AHRGs). Recently we updated our database from AHD to a new version AHD2.0 by adding several pronounced features: (i) updating our collection of AHRGs based on most recent publications as well as constructing elaborate schematic diagrams of each hormone biosynthesis and signaling pathways; (ii) adding orthologs of sequenced plants listed in OrthoMCL-DB to each AHRG in the updated database; (iii) providing predicted miRNA splicing site(s) for each AHRG; (iv) integrating genes that genetically interact with each AHRG according to literatures mining; (v) providing links to a powerful online analysis platform WebLab for the convenience of in-time bioinformatics analysis and (vi) providing links to widely used protein databases and integrating more expression profiling information that would facilitate users for a more systematic and integrative analysis related to phytohormone research.
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Guo H
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通讯作者：
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