Genomic characterization of SARS-CoV-2 from Uganda using MinION nanopore sequencing.
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DOI：
10.1038/s41598-023-47379-z
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发表时间：
2023-11-22
影响因子：
4.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
SARS-CoV-2发生频繁突变，影响COVID-19诊断、传播和疫苗效力。在这里，我们描述了来自乌干达的49个SARS-CoV-2样本的遗传多样性，这些样本是在2020/2021年COVID-19浪潮期间收集的。总体而言，这些样本与此前报道的来自乌干达和刚果民主共和国（DRC）的SARS-CoV-2相似。主要谱系是AY.46和A.23，它们被认为是Delta SARS-CoV-2变种。此外，共发现268个独特的单核苷酸变异和1456个突变，其中超过70%的突变发生在ORF 1ab和S基因中。最常见的突变是2042 C>G（83.4%）、14143 C>T（79.5%）、245 T>C（65%）和1129 G>T（51%），分别发生在S、ORF 1ab、ORF 7a和N基因上。此外，在16个样品中，发生了28个结构变异-21个插入和7个缺失。我们的研究结果指出，当时乌干达的大多数SARS-CoV-2感染可能是由当地传播引起的，而不是新输入的。此外，来自乌干达和刚果民主共和国的变异体的相关性反映了两国之间的高人口流动性和互动，这是世界这一地区所特有的。
SARS-CoV-2 undergoes frequent mutations, affecting COVID-19 diagnostics, transmission and vaccine efficacy. Here, we describe the genetic diversity of 49 SARS-CoV-2 samples from Uganda, collected during the COVID-19 waves of 2020/2021. Overall, the samples were similar to previously reported SARS-CoV-2 from Uganda and the Democratic Republic of Congo (DRC). The main lineages were AY.46 and A.23, which are considered to be Delta SARS-CoV-2 variants. Further, a total of 268 unique single nucleotide variants and 1456 mutations were found, with more than seventy percent mutations in the ORF1ab and S genes. The most common mutations were 2042C>G (83.4%), 14143C>T (79.5%), 245T>C (65%), and 1129G>T (51%), which occurred in the S, ORF1ab, ORF7a and N genes, respectively. As well, 28 structural variants—21 insertions and 7 deletions, occurred in 16 samples. Our findings point to the possibility that most SARS-CoV-2 infections in Uganda at the time arose from local spread and were not newly imported. Moreover, the relatedness of variants from Uganda and the DRC reflects high human mobility and interaction between the two countries, which is peculiar to this region of the world.
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