Tuning Protein Discrimination Through Altering the Sampling Interface Formed between the Analyte and the OmpG Nanopore.
Tuning Protein Discrimination Through Altering the Sampling Interface Formed between the Analyte and the OmpG Nanopore.
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通过改变分析物和OMPG纳米孔之间形成的采样界面来调整蛋白质歧视。
DOI：
10.1021/acssensors.0c02580
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发表时间：
2021-03-26
期刊：
影响因子：
8.9
通讯作者：
Chen M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fahie MA;Candido J;Andree G;Chen M
能够区分同源蛋白质分析物的纳米孔传感器是蛋白质组学研究和疾病诊断非常理想的工具。最近，一种工程外膜蛋白 G (OmpG) 纳米孔，其高亲和力配体连接到门环 6，显示出区分复杂混合物中同源蛋白的特异性。在这里，我们报告了 OmpG 纳米孔的开发，其中其他六个环用作锚定点，以容纳用于蛋白质传感的亲和配体。我们研究了与位于不同环的亲和配体结合的分析物如何影响检测灵敏度、选择性和特异性。我们的结果表明，只有当配体连接到环 6 时，才能检测到 OmpG 纳米孔表面微弱吸引的分析物。相比之下，通过静电吸引力与 OmpG 表面形成强相互作用的蛋白质分析物可以通过所有七个 OmpG 纳米孔结构来区分。此外，相同的分析物可以与不同的 OmpG 纳米孔结构产生不同的结合信号。利用全部七个 OmpG 环路的能力将有助于设计新一代 OmpG 传感器，提高生物标志物传感的灵敏度、选择性和特异性。
Nanopore sensors capable of distinguishing homologous protein analytes are highly desirable tools for proteomics research and disease diagnostics. Recently, an engineered outer membrane protein G (OmpG) nanopore with a high-affinity ligand attached to a gating loop 6 showed specificity for distinguishing homologous proteins in complex mixtures. Here we report the development of OmpG nanopores with the other six loops used as the anchoring point to host an affinity ligand for protein sensing. We investigated how the analyte binding to the affinity ligand located at different loops affects the detection sensitivity, selectivity and specificity. Our results reveal that analytes weakly attracted to the OmpG nanopore surface are only detectable when the ligand is tethered to loop 6. In contrast, protein analytes that form strong interaction with the OmpG surface via electrostatic attractions are distinguishable by all seven OmpG nanopore constructs. In addition, the same analyte can generate distinct binding signals with different OmpG nanopore constructs. The ability to exploit all seven OmpG loops will aid the design of a new generation of OmpG sensors with increased sensitivity, selectivity and specificity for biomarker sensing.
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使用固态纳米孔探测了差异酶柔韧性。
影响因子：
17.1
作者：
Hu, Rui;Rodrigues, Joao V.;Waduge, Pradeep;Yamazaki, Hirohito;Cressiot, Benjamin;Chishti, Yasmin;Makowski, Lee;Yu, Dapeng;Shakhnovich, Eugene;Zhao, Qing;Wanunu, Meni
通讯作者：
Wanunu, Meni
影响因子：
15
作者：
Majd, Sheereen;Yusko, Erik C.;MacBriar, Alexander D.;Yang, Jerry;Mayer, Michael
通讯作者：
Mayer, Michael
影响因子：
7.4
作者：
Japrung, Deanpen;Dogan, Jakob;Edel, Joshua B.
通讯作者：
Edel, Joshua B.
DOI：
10.1073/pnas.0705466104
发表时间：
2007-10-09
影响因子：
11.1
作者：
Liang, Binyong;Tamm, Lukas K.
通讯作者：
Tamm, Lukas K.
影响因子：
17.1
作者：
Farimani, Amir Barati;Min, Kyoungmin;Aluru, Narayana R.
通讯作者：
Aluru, Narayana R.