Structure determination of noncanonical RNA motifs guided by ¹H NMR chemical shifts.
Structure determination of noncanonical RNA motifs guided by ¹H NMR chemical shifts.
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DOI：
10.1038/nmeth.2876
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发表时间：
2014-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Das, Rhiju
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sripakdeevong, Parin;Cevec, Mirko;Chang, Andrew T.;Erat, Michele C.;Ziegeler, Melanie;Zhao, Qin;Fox, George E.;Gao, Xiaolian;Kennedy, Scott D.;Kierzek, Ryszard;Nikonowicz, Edward P.;Schwalbe, Harald;Sigel, Roland K. O.;Turner, Douglas H.;Das, Rhiju
结构化非编码RNA强调了基本的细胞过程，但确定其3D结构仍然具有挑战性。在这里，我们证明了将核磁共振1H化学位移数据与Rosetta de novo模型相结合可以一致地返回高分辨率的RNA结构。在包括11个盲靶在内的23个非规范RNA基序的基准集上，化学位移-RNA Rosetta(CS-Rosetta-RNA)方法在18例中高精度地恢复了实验结构(全重原子RMSD为0.6~2.0)。
Structured non-coding RNAs underline fundamental cellular processes, but determining their 3D structures remains challenging. We demonstrate herein that integrating NMR 1H chemical shift data with Rosetta de novo modeling can consistently return high-resolution RNA structures. On a benchmark set of 23 noncanonical RNA motifs, including 11 blind targets, Chemical-Shift-ROSETTA for RNA (CS-ROSETTA-RNA) recovered the experimental structures with high accuracy (0.6 to 2.0 Å all-heavy-atom rmsd) in 18 cases.
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影响因子：
4.3
作者：
Nabuurs, Sander B.;Spronk, Chris A. E. M.;Vriend, Gert
通讯作者：
Vriend, Gert
影响因子：
5.7
作者：
Jovine, L;Hainzl, T;Nagai, K
通讯作者：
Nagai, K
DOI：
10.1038/10683
发表时间：
1999-07-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Schmitz, U;James, TL;Walter, P
通讯作者：
Walter, P
DOI：
10.1038/nsb1004
发表时间：
2003-12-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Lukavsky, PJ;Kim, I;Puglisi, JD
通讯作者：
Puglisi, JD
DOI：
10.1073/pnas.0800256105
发表时间：
2008-03-25
影响因子：
11.1
作者：
Shen, Yang;Lange, Oliver;Bax, Ad
通讯作者：
Bax, Ad