Protein sectors: evolutionary units of three-dimensional structure.
Protein sectors: evolutionary units of three-dimensional structure.
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DOI：
10.1016/j.cell.2009.07.038
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发表时间：
2009-08-21
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Ranganathan R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Halabi N;Rivoire O;Leibler S;Ranganathan R
蛋白质在初级、二级、三级和高级水平上显示出结构特征的层次结构，这一组织指导我们目前对其生物学特性和进化起源的理解。在这里，我们通过统计分析氨基酸之间的相关进化，揭示了一种有别于传统层次结构的结构组织。应用于S1a丝氨酸蛋白酶的分析表明，蛋白质被分解成三个准独立的相关氨基酸基团，我们称之为“蛋白质部分”。每个区段在三级结构中物理上相连，具有不同的功能作用，并构成蛋白质家族中独立的序列差异模式。在其他蛋白质家族中，功能相关的部分也很明显，这表明它们可能是蛋白质的一般特征。我们认为，扇区代表蛋白质的结构组织，反映了它们的进化史。
Proteins display a hierarchy of structural features at primary, secondary, tertiary, and higher-order levels, an organization that guides our current understanding of their biological properties and evolutionary origins. Here, we reveal a structural organization distinct from this traditional hierarchy by statistical analysis of correlated evolution between amino acids. Applied to the S1A serine proteases, the analysis indicates a decomposition of the protein into three quasi-independent groups of correlated amino acids that we term “protein sectors”. Each sector is physically connected in the tertiary structure, has a distinct functional role, and constitutes an independent mode of sequence divergence in the protein family. Functionally relevant sectors are evident in other protein families as well, suggesting that they may be general features of proteins. We propose that sectors represent a structural organization of proteins that reflects their evolutionary histories.
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作者：
Bush-Pelc, Leslie A.;Marino, Francesca;Di Cera, Enrico
通讯作者：
Di Cera, Enrico
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通讯作者：
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DOI：
10.1073/pnas.96.5.1852
发表时间：
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作者：
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通讯作者：
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作者：
Filippakopoulos, Panagis;Kofler, Michael;Hantschel, Oliver;Gish, Gerald D.;Grebien, Florian;Salah, Eidarus;Neudecker, Philipp;Kay, Lewis E.;Turk, Benjamin E.;Superti-Furga, Giulio;Pawson, Tony;Knapp, Stefan
通讯作者：
Knapp, Stefan
DOI：
10.1590/s0100-879x2003001200003
发表时间：
2003-12-01
影响因子：
2.3
作者：
Bittar, E.R.;Caldeira, F.R.;Santoro, M.M.
通讯作者：
Santoro, M.M.