BiQ Analyzer HT: locus-specific analysis of DNA methylation by high-throughput bisulfite sequencing.
BiQ Analyzer HT: locus-specific analysis of DNA methylation by high-throughput bisulfite sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkr312
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bock C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lutsik P;Feuerbach L;Arand J;Lengauer T;Walter J;Bock C
亚硫酸氢盐测序是一种广泛应用于真核生物基因组DNA甲基化测定的方法。该分析提供单碱基对分辨率，并给予足够的测序深度，其定量准确性是极好的。亚硫酸氢盐转化DNA的高通量测序既可以应用于全基因组范围，也可以针对一组特定的基因组位点（例如，使用位点特异性PCR引物或DNA捕获探针）。在这里，我们描述BiQ Analyzer HT (http://biq-analyzer-ht.bioinf.mpi-inf.mpg.de/)，一个用户友好的软件工具，支持基因座特异性分析和高通量亚硫酸盐测序数据的可视化。该软件促进了从耗时的克隆亚硫酸氢盐测序到更定量和更经济高效地使用高通量测序来研究位点特异性DNA甲基化模式的转变。此外，它还有助于亚硫酸氢盐全基因组测序数据的特异位点可视化。
Bisulfite sequencing is a widely used method for measuring DNA methylation in eukaryotic genomes. The assay provides single-base pair resolution and, given sufficient sequencing depth, its quantitative accuracy is excellent. High-throughput sequencing of bisulfite-converted DNA can be applied either genome wide or targeted to a defined set of genomic loci (e.g. using locus-specific PCR primers or DNA capture probes). Here, we describe BiQ Analyzer HT (http://biq-analyzer-ht.bioinf.mpi-inf.mpg.de/), a user-friendly software tool that supports locus-specific analysis and visualization of high-throughput bisulfite sequencing data. The software facilitates the shift from time-consuming clonal bisulfite sequencing to the more quantitative and cost-efficient use of high-throughput sequencing for studying locus-specific DNA methylation patterns. In addition, it is useful for locus-specific visualization of genome-wide bisulfite sequencing data.
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作者：
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