CandidaDB: a genome database for Candida albicans pathogenomics.
CandidaDB: a genome database for Candida albicans pathogenomics.
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DOI：
10.1093/nar/gki124
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brown AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
d'Enfert C;Goyard S;Rodriguez-Arnaveilhe S;Frangeul L;Jones L;Tekaia F;Bader O;Albrecht A;Castillo L;Dominguez A;Ernst JF;Fradin C;Gaillardin C;Garcia-Sanchez S;de Groot P;Hube B;Klis FM;Krishnamurthy S;Kunze D;Lopez MC;Mavor A;Martin N;Moszer I;Onésime D;Perez Martin J;Sentandreu R;Valentin E;Brown AJ
CandidaDB是一个致力于人类最普遍的系统性真菌病原体--白色念珠菌基因组的数据库。CandidaDB是基于欧洲Galar真菌联合会对斯坦福大学基因组技术中心白念珠菌基因组序列数据的注释。CandidaDB Release 2.0(2004年6月)包含与白念珠菌SC5314株基因组组装19有关的信息。目前的版本包含6244个注释条目，对应于130个tRNA基因和5917个蛋白质编码基因。对于这些，它提供了试探性的功能分配以及大量的预运行分析，这些分析可以帮助研究人员为特定或大规模分析的目的评估基因功能。CandidaDB基于GenList，这是一种通用的关系数据模式和万维网接口，已适应于处理真核基因组。该界面允许用户轻松浏览基因组数据和检索信息。CandidaDB还提供了更复杂的工具，如模式搜索，这些工具与整个浏览系统紧密相连。由于白色念珠菌的基因组是二倍体的，仍然没有完全组装，CandidaDB提供了工具来通过单个超重叠群浏览基因组，并检查从互补重叠群获得的等位基因序列的信息。CandidaDB的网址是：http://genolist.pasteur.fr/CandidaDB.。
CandidaDB is a database dedicated to the genome of the most prevalent systemic fungal pathogen of humans, Candida albicans. CandidaDB is based on an annotation of the Stanford Genome Technology Center C.albicans genome sequence data by the European Galar Fungail Consortium. CandidaDB Release 2.0 (June 2004) contains information pertaining to Assembly 19 of the genome of C.albicans strain SC5314. The current release contains 6244 annotated entries corresponding to 130 tRNA genes and 5917 protein-coding genes. For these, it provides tentative functional assignments along with numerous pre-run analyses that can assist the researcher in the evaluation of gene function for the purpose of specific or large-scale analysis. CandidaDB is based on GenoList, a generic relational data schema and a World Wide Web interface that has been adapted to the handling of eukaryotic genomes. The interface allows users to browse easily through genome data and retrieve information. CandidaDB also provides more elaborate tools, such as pattern searching, that are tightly connected to the overall browsing system. As the C.albicans genome is diploid and still incompletely assembled, CandidaDB provides tools to browse the genome by individual supercontigs and to examine information about allelic sequences obtained from complementary contigs. CandidaDB is accessible at http://genolist.pasteur.fr/CandidaDB.
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影响因子：
14.9
作者：
Wheeler DL;Church DM;Edgar R;Federhen S;Helmberg W;Madden TL;Pontius JU;Schuler GD;Schriml LM;Sequeira E;Suzek TO;Tatusova TA;Wagner L
通讯作者：
Wagner L
影响因子：
14.9
作者：
Frishman, D;Mokrejs, M;Mewes, HW
通讯作者：
Mewes, HW
影响因子：
14.9
作者：
Christie, KR;Weng, S;Cherry, JM
通讯作者：
Cherry, JM
影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Mistry J;Tate J;Coggill P;Heger A;Pollington JE;Gavin OL;Gunasekaran P;Ceric G;Forslund K;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ