Bioinformatic identification of proteins with tissue-specific expression for biomarker discovery.
Bioinformatic identification of proteins with tissue-specific expression for biomarker discovery.
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DOI：
10.1186/1741-7015-10-39
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发表时间：
2012-04-19
期刊：
影响因子：
9.3
通讯作者：
Diamandis EP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Prassas I;Chrystoja CC;Makawita S;Diamandis EP
对于鉴定用于癌症早期检测的新型血清学生物标志物存在重要需求。目前的生物标志物缺乏组织特异性，使它们容易受到非疾病特异性增加的影响。本研究详细介绍了一种利用生物信息学快速鉴定组织特异性蛋白质的策略。以前的研究集中在基因或蛋白质表达数据库中用于识别候选人。我们开发了一种策略，挖掘六个公开可用的基因和蛋白质数据库中的组织特异性蛋白质，选择可能进入循环的蛋白质，并整合针对癌症分泌组富集的蛋白质组数据集，以优先考虑候选人进行进一步的验证和确认研究。以结肠癌、肺癌、胰腺癌和前列腺癌为例，我们确定了48种候选组织特异性生物标志物，其中14种以前已被研究为癌症或良性疾病的生物标志物。提出了这四种癌症类型的26种候选生物标志物。我们提出了一种新的策略，利用生物信息学来识别组织特异性蛋白，是潜在的癌症血清生物标志物。有必要对26名处于器官疾病状态的候选人进行调查。
There is an important need for the identification of novel serological biomarkers for the early detection of cancer. Current biomarkers suffer from a lack of tissue specificity, rendering them vulnerable to non-disease-specific increases. The present study details a strategy to rapidly identify tissue-specific proteins using bioinformatics. Previous studies have focused on either gene or protein expression databases for the identification of candidates. We developed a strategy that mines six publicly available gene and protein databases for tissue-specific proteins, selects proteins likely to enter the circulation, and integrates proteomic datasets enriched for the cancer secretome to prioritize candidates for further verification and validation studies. Using colon, lung, pancreatic and prostate cancer as case examples, we identified 48 candidate tissue-specific biomarkers, of which 14 have been previously studied as biomarkers of cancer or benign disease. Twenty-six candidate biomarkers for these four cancer types are proposed. We present a novel strategy using bioinformatics to identify tissue-specific proteins that are potential cancer serum biomarkers. Investigation of the 26 candidates in disease states of the organs is warranted.
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影响因子：
5
作者：
Goldberg, DM
通讯作者：
Goldberg, DM
DOI：
10.3109/00365519309090669
发表时间：
1993-01-01
影响因子：
2.1
作者：
FERNSTAD, R;KYLANDER, C;POUSETTE, A
通讯作者：
POUSETTE, A
DOI：
10.3109/00365599.2010.526141
发表时间：
2011-02-01
影响因子：
--
作者：
Haggarth, Lars;Hagglof, Christina;Egevad, Lars
通讯作者：
Egevad, Lars
影响因子：
7
作者：
Chen, GA;Gharib, TG;Beer, DG
通讯作者：
Beer, DG
影响因子：
7
作者：
Cho, Chan-Kyung J.;Shan, Shannon J.;Diamandis, Eleftherios P.
通讯作者：
Diamandis, Eleftherios P.