DIVEIN: a web server to analyze phylogenies, sequence divergence, diversity, and informative sites.
DIVEIN: a web server to analyze phylogenies, sequence divergence, diversity, and informative sites.
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DOI：
10.2144/000113370
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发表时间：
2010-05
期刊：
影响因子：
2.7
通讯作者：
Mullins JI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deng W;Maust BS;Nickle DC;Learn GH;Liu Y;Heath L;Kosakovsky Pond SL;Mullins JI
DIVEIN是一个网络界面，可以对核苷酸和氨基酸序列进行自动系统发育分析和其他分析。从一组比对序列开始，DIVEIN估计进化参数和系统发育树，同时允许用户从各种进化模型中进行选择，然后重建共识，最近共同祖先（MRCA）和树中心（COT）序列。DIVEIN还提供了进一步分析的工具，包括浓缩序列比对以仅显示信息位点或私人突变，计算来自任何用户指定序列的系统发育或成对差异（MRCA、共有序列、COT或来自比对的现有序列），计算并以列格式输出所有遗传距离，计算来自成对距离的多样性和分歧的汇总统计量，并且图形化地表示所推断的树以及发散、多样性和距离分布直方图的图。DIVEIN可在http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/DIVEIN上获得。
DIVEIN is a web interface that performs automated phylogenetic and other analyses of nucleotide and amino acid sequences. Starting with a set of aligned sequences, DIVEIN estimates evolutionary parameters and phylogenetic trees while allowing the user to choose from a variety of evolutionary models, it then reconstructs the consensus, Most Recent Common Ancestor (MRCA) and Center of Tree (COT) sequences. DIVEIN also provides tools for further analyses, including condensing sequence alignments to show only informative sites or private mutations, computing phylogenetic or pairwise divergence from any user-specified sequence (MRCA, Consensus, COT, or existing sequence from the alignment), computing and outputting all genetic distances in column format, calculating summary statistics of diversity and divergence from pairwise distances, and graphically representing the inferred tree and plots of divergence, diversity, and distance distribution histograms. DIVEIN is available at http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/DIVEIN.
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