Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist.
Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist.
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DOI：
10.1093/nar/gkn180
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发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gascuel O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dereeper A;Guignon V;Blanc G;Audic S;Buffet S;Chevenet F;Dufayard JF;Guindon S;Lefort V;Lescot M;Claverie JM;Gascuel O
系统发育分析是生物学中许多研究领域的核心，通常涉及同源序列的鉴定，它们的多重比对，系统发育重建和推断树的图形表示。fr平台透明地链接程序来自动执行这些任务。它主要是为没有系统发育经验的生物学家设计的，但也可以满足专家的需要；第一批人将会发现最新的工具链接在一个系统发展管道中，以一种简单而强大的方式分析他们的数据，而专家们将能够轻松地构建和运行复杂的分析。fr提供了三种主要模式。“一键”模式针对非专业人士，并提供了一个现成的管道链接程序，具有公认的准确性和速度：MUSCLE用于多次对齐，PhyML用于树构建，TreeDyn用于树渲染。所有参数都设置为适合大多数研究，用户只需要提供他们的输入序列就可以获得准备打印的树。“高级”模式使用相同的管道，但允许用户自定义每个程序的参数。“点菜”模式提供了更多的灵活性和复杂性，因为用户可以通过从大量选择的工具中选择和设置所需的步骤来构建自己的管道，以满足他们的特定需求。在系统发育分析之前，用户还可以通过在通用或专用数据库上运行BLAST来收集查询序列的邻居。然后，引导树可以帮助选择相邻序列，作为系统发育管道的输入。Phylogeny.fr可在http://www.phylogeny.fr/找到
Phylogenetic analyses are central to many research areas in biology and typically involve the identification of homologous sequences, their multiple alignment, the phylogenetic reconstruction and the graphical representation of the inferred tree. The Phylogeny.fr platform transparently chains programs to automatically perform these tasks. It is primarily designed for biologists with no experience in phylogeny, but can also meet the needs of specialists; the first ones will find up-to-date tools chained in a phylogeny pipeline to analyze their data in a simple and robust way, while the specialists will be able to easily build and run sophisticated analyses. Phylogeny.fr offers three main modes. The ‘One Click’ mode targets non-specialists and provides a ready-to-use pipeline chaining programs with recognized accuracy and speed: MUSCLE for multiple alignment, PhyML for tree building, and TreeDyn for tree rendering. All parameters are set up to suit most studies, and users only have to provide their input sequences to obtain a ready-to-print tree. The ‘Advanced’ mode uses the same pipeline but allows the parameters of each program to be customized by users. The ‘A la Carte’ mode offers more flexibility and sophistication, as users can build their own pipeline by selecting and setting up the required steps from a large choice of tools to suit their specific needs. Prior to phylogenetic analysis, users can also collect neighbors of a query sequence by running BLAST on general or specialized databases. A guide tree then helps to select neighbor sequences to be used as input for the phylogeny pipeline. Phylogeny.fr is available at: http://www.phylogeny.fr/
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