PARma: identification of microRNA target sites in AGO-PAR-CLIP data.
PARma: identification of microRNA target sites in AGO-PAR-CLIP data.
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DOI：
10.1186/gb-2013-14-7-r79
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发表时间：
2013-07-29
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Zimmer R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Erhard F;Dölken L;Jaskiewicz L;Zimmer R
PARma 是一款用于 AGO-PAR-CLIP 实验的完整数据分析软件，可识别 microRNA 的靶位点以及与这些位点结合的 microRNA。它将实验的具体特征整合到生成模型中。该模型和一种新颖的模式发现工具迭代地应用于数据，以估计种子活动概率、聚类置信度得分并分配最可能的 microRNA。基于差分 PAR-CLIP 分析以及与 RIP-Chip 数据的比较，我们表明 PARma 比现有方法更准确。 PARma 可从 http://www.bio.ifi.lmu.de/PARma 获取
PARma is a complete data analysis software for AGO-PAR-CLIP experiments to identify target sites of microRNAs as well as the microRNA binding to these sites. It integrates specific characteristics of the experiments into a generative model. The model and a novel pattern discovery tool are iteratively applied to data to estimate seed activity probabilities, cluster confidence scores and to assign the most probable microRNA. Based on differential PAR-CLIP analysis and comparison to RIP-Chip data, we show that PARma is more accurate than existing approaches. PARma is available from http://www.bio.ifi.lmu.de/PARma
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq363
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Erhard F;Zimmer R
通讯作者：
Zimmer R
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Dreszer TR;Karolchik D;Zweig AS;Hinrichs AS;Raney BJ;Kuhn RM;Meyer LR;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Harte RA;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;James Kent W
通讯作者：
James Kent W
影响因子：
4.1
作者：
Beitzinger, Michaela;Peters, Lasse;Meister, Gunter
通讯作者：
Meister, Gunter
影响因子：
4.5
作者：
Easow, George;Teleman, Aurelio A.;Cohen, Stephen M.
通讯作者：
Cohen, Stephen M.