jmzReader: A Java parser library to process and visualize multiple text and XML-based mass spectrometry data formats.
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DOI：
10.1002/pmic.201100578
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发表时间：
2012-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Vizcaino, Juan Antonio
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Griss, Johannes;Reisinger, Florian;Hermjakob, Henning;Vizcaino, Juan Antonio
我们在这里介绍了jmzReader库：一个Java应用程序编程接口（API）的集合，用于解析最常用的峰列表和基于XML的质谱（MS）数据格式：DTA、MS 2、MGF、PKL、mzXML、mzData和mzML（基于现有的API jmzML）。该文库经过优化，可与最近发布的用于报告蛋白质和肽鉴定的标准数据格式mzIdentML结合使用，该格式由HUPO蛋白质组学标准倡议（PSI）开发。mzIdentML文件不包含光谱数据，但包含对不同类型外部MS数据文件的引用。作为一个关键功能，所有解析器都实现了一个通用接口，该接口支持mzIdentML用于引用外部光谱的各种方法。因此，在为mzIdentML开发软件时，程序员不再需要支持多种MS数据文件格式，而只需支持这一个接口。该库（包括一个查看器）是开源的，可以从http://code.google.com/p/jmzreader/下载详细的文档。
We here present the jmzReader library: a collection of Java application programming interfaces (APIs) to parse the most commonly used peak list and XML-based mass spectrometry (MS) data formats: DTA, MS2, MGF, PKL, mzXML, mzData, and mzML (based on the already existing API jmzML). The library is optimized to be used in conjunction with mzIdentML, the recently released standard data format for reporting protein and peptide identifications, developed by the HUPO proteomics standards initiative (PSI). mzIdentML files do not contain spectra data but contain references to different kinds of external MS data files. As a key functionality, all parsers implement a common interface that supports the various methods used by mzIdentML to reference external spectra. Thus, when developing software for mzIdentML, programmers no longer have to support multiple MS data file formats but only this one interface. The library (which includes a viewer) is open source and, together with detailed documentation, can be downloaded from http://code.google.com/p/jmzreader/.
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